酪胺酸重組酶逐一對DNA鏈進行切割和重新連接,並以Holliday結構作為反應中間體。
絲氨酸重組酶在進行鏈交換和重新連接之前,會同時切割位於att識別位點的四條DNA鏈。與酪胺酸整合酶不同,絲氨酸整合酶在沒有輔助蛋白的情況下就能介導整合(attB x attP),且其結合位點為相對短的序列,少於50 bp。一種由噬菌體編碼的蛋白,稱為重組方向因子(RDF),在激活切除的同時抑制整合。
在此方法中,一段特定長度的DNA分子被固定在蓋玻片表面與一個奈米級的聚苯乙烯珠之間。這個鏈接的珠子會進行布朗運動,其運動過程將由成像系統記錄。成像方法使用的是微分干涉相差顯微(DIC)系統,且時間解析度與空間解析度高度依賴於從聚苯乙烯珠獲得的信號數量。
約1300 bp含有特定位點的雙股DNA透過地高辛-抗地高辛的相互作用固定在蓋玻片上。DNA的另一端則與帶有鏈黏蛋白標記的奈米顆粒連接。在DIC系統下記錄奈米顆粒的運動。影像通過二維高斯擬合程式進行分析,並通過將珠子的布朗運動幅度轉換為對應的DNA長度,使用校準曲線(鏈接珠子的布朗運動幅度與鏈接DNA長度的關係)來獲得重組酶與DNA相互作用引起的DNA長度變化。整個過程(包括聯會、DNA鏈切割與交換)都可以被記錄和研究。