大量的遺傳訊息藉由histone octamers將DNA分子纏繞於其上並形成一緊密結構以利於保存於微小的細胞核內。然而此緊密結構反而造成DNA之基本功能無法正常表現,諸如:轉錄、複製、修復及重組。在生物體中有精密的調控機制,如histone 的修飾和nucleosome 結構的調控,均可調控DNA上遺傳訊息在適當時間被讀取,至今已知有不同類型的蛋白質負責在不同時期動態的調控nucleosome結構使DNA上的遺傳訊息得以傳遞出去。基於前人的研究結果,已知nucleosome remodeler可利用ATP水解所產生之化學能對nucleosome進行移動、調整、移除或是進行組裝等動作。在這個研究計畫中,我們著重於研究酵母菌體系中擔任chrimatin結構調控的蛋白質錯合物(yeast chromatin structure-remodeling complex, yRSC)的分子機制。利用單分子偵測提供了許多傳統分析方式無法提供的資訊,因為單分子系統可以偵測單一分子的調控行為並可取得中間態的反應資訊。在本計畫中,致力於利用多種單分子偵測技術去研究組蛋白輔助因子如何去調控核體核心的結構,並且期望能釐清在染色質結構的調控過程中,核小體調控因子、組蛋白輔助因子、組蛋白及DNA分子彼此的交互作用。
一個沒有特定序列或帶有DNA601序列(對組蛋白具有高親和力)的DNA分子被固定在蓋玻片上,DNA分子的另一端則與帶有鏈黏蛋白標記的奈米顆粒連接。鏈接珠子的運動變化可以反映DNA長度的變化。通過分析鏈接珠子的運動,可以研究由組蛋白伴護蛋白介導的核小體組裝過程。實驗中純化了兩種不同的組蛋白伴護蛋白,並使用TPM方法研究其功能。
一開始,TPM被用來研究由yRSC介導的八聚體轉移過程。實驗中,一個奈米顆粒被800 bp的單核小體雙股DNA鏈接,其中包含147 bp的DNA601序列(對組蛋白具有高親和力)。整個過程將在不同的反應條件下進行研究(如無ATP、無接受者DNA、無組蛋白伴護蛋白)。