研究與教學重點
大學部課程校定必修28學分，系共同必修59學分，最低畢業學分為133學分。大學部之教學為了適應未來本系之發展，規劃有三個學群(兩個主/次要群及輔助學群)， 分別為：系統與控制學群(主/次)；設備與設計學群(主/次)；生物產業基礎與應用學群(輔)。每位學士班之學生畢業前必須選修主要學群六門課、次要及輔助學群各三門課。碩士班至少應修畢30學分（含6學分論文），研究生可依其興趣專長選擇 相關主修領域規定之課程學分，且應修畢數學或統計學等相關課程達6學分以上。 本系設有碩、博士班，以積極培育以下領域之人才為教學與研究方向：
生物產業自動化工程。
生物產業電子化工程。
生物系統工程。
農業生物技術之發展。
生物產業機械之研究發展。
高科技在農業及生物工程上之應用研究。
生物感測器及生物晶片之研發。
生物材料加工工程。
生物廢棄物處理工程。
水產養殖工程。
畜牧生產及加工工程。
生物環境控制工程。
生物與奈米、微機電等科技之結合研究。
本系範圍與重點
「生物產業機電工程」是將機械、電機、資訊、機電整合、電子化及各種工程技術應用於生物產業上。本世紀為生物科技產業之蓬勃發展時代，生物產業涵括傳統之農、林、漁、牧及新興之生技產業如環保、特化、醫藥、生物材料、檢測等。因之，本系之教學目標及任務為培養生物科技產業發展所需之各類工程人才，以促進生物科技產業之快速發展。
未來出路
本系學生畢業後依其興趣及特長可朝各方面發展， 除可繼續在國內相關研究所進修，亦可出國深造，就業方面以進入民間 高科技產業為主，或可參加政府舉辦之各種相關類科考試，進入政府有關機構就業，如農業試驗所、農業改良場單位任職、或在學術單位擔任教職等。
