TopSpinデータ処理マニュアル私家版

本編

このページは、本学部装置のユーザー向けに作製したTopSpinマニュアル(私家版)をWeb化したものを許可を得て公開しています． 測定データを別のパソコンにインストールしたTopSpin(Process Only) で扱う場合の操作を中心に解説しています．図を作成したのはWindows版TopSpinでバージョンは主として4.0.7 、一部は3.6、3.7、2.1です．数字の小さいバージョンのTopSpinで測定したデータを、以降のバージョンのTopSpinで開くことは問題ありません．データを測定した装置はBruker Avance I および Neo, またソフトウエアについてくる見本データです．

本編では最低必要なデータ処理を、導入編ではインストールや設定・基本操作について扱います．応用編に必要に応じて行う処理などを加筆していきます．

位相補正

コマンド入力でapbk[ENTER]すると自動で位相とベースラインが補正される．

スペクトルを縦方向に拡大して、ベースラインが一続きになっていない所があれば直す．

自動処理では、DEPT135°、二次元のHSQC、NOESYで上下が反転していることがある．

ソフトによらず、位相補正のゼロ次の補正はスペクトル全体に効き、一次の補正は周波数に依存した補正になる．

スペクトルのシグナルのある領域全体を表示し、縦方向に拡大してから、Processメニュー→Adjust Phase→Adjust Spectrum Phase manually を選択し，位相補正モードに入る．ショートカットコマンド .ph[ENTER]でも入れる．タブは見えなくなり、表示領域の左上に位相補正モードに入っていることを示すアイコンが現れる．

縦の赤いラインが０次基準(pivot)で、0次基準位置を変えたいときは希望の位置で右クリックし、set pivot point を選択する．スペクトルの端の方の大きなピークを基準とするとよい．うまくいかないときは基準位置を変えてみる．

基準位置の付近のベースラインが一続きになるように、0のアイコンの上でマウスをドラッグしゼロ次補正をする．

ついで， 1のアイコンの上でマウスをドラッグして，ここから遠い位置のピークの左右のベースラインに着目して一次補正する．

必要ならゼロ次と一次をくりかえす．

やり直したいとき

ゼロ次の補正を角度で指定．180は上下反転．

マウスの感度を変える．

位相補正を保存してルーチンから抜ける．

ベースライン補正

コマンドbas[ENTER]→Auto-correct baseline using polynominalでをする．

化学シフト合わせ

化学シフト合わせを行ったら、その前に(自動で)行われたピークピックをやり直す必要がある．

DEPTの化学シフト合わせ

カーボンの化学シフトを合わせた後、任意のピークで合わせるか、または、カーボンのProcParsタブの中のSR[Hz]を読み取り、DEPTのSRに同じ値を入力する．

ピークを拾う

pp[ENTER]して現れるウインドウで感度やスレッショルドを設定し、OKする．PROCPARSタブのPeaksの項目でも同様の設定ができる．

表示させている範囲のピークを拾うか、全体のピークを拾うかを切り替えられる．

CY[rel]に対する最小値のMIと、ノイズに対する感度のPCのいずれか大きい方の基準でピークが拾われる．MAXIを小さくすると大きなピークを拾わないようになる．負のピークも拾いたいとき(DEPT135など)はPSIGNをbothにする．

拾えなかったピークを拾う・手動ピークピック

Analyse→Pick Peaks→Manual-Peak Pickingとしてピークピックモードに入る．

 ピークピックモードであることを示している．

 以下はそれぞれのアイコンをクリックして背景色が濃くなればその操作ができ，もう一度クリックすればマウスの動作はスペクトルの拡大等になる．

マウスドラッグでピークを拾う．このときの閾値と感度は上記で設定した通りになる．

目的のピーク上で右クリック→Add Peak To Listするとそのカーソル位置が拾われる．

すべて，または一部のピークピックを取り消す．

保存して抜ける．

ピークテーブルは，PEAKSタブで表示する．TopSpinメニューバーのファイルメニューのExportから、または、PEAKSタブの表示領域で右クリックしたメニューから、ファイルへの書き出しなどを行う．CSVで保存すればスプレッドシートで開ける．

積分する