根據「清華海峽研究院」官方網站顯示,該院為北京清華大學繼深圳、北京、河北、浙江之後與地方共建的第五個地方研究院,其服務中共「一帶一路」、「海峽西岸經濟區」與「促進海峽兩岸融合」等政治目的 。在新竹清大遭揭露違法事證後,該院網站等相關連結已經遭到修改或刪除,本頁利用歷史網頁及其他資料來源拼湊來龍去脈,證明新竹清大自始知悉並且參與「清華海峽研究院」的運作。
2013
8月,新竹清大前校長陳力俊率教務長、研發長、主秘等一級主管專程到廈門商談,尋找兩岸清華合作實體機構的場址。後因政治因素,方由「北京清華」與「新竹清華校友會」校友會對接。(陳力俊自傳《水清木華-清華的故事 》376 頁)
2016
4月28日,「清華海峽研究院」新竹辦公室於新竹清大成立,時任副校長吳誠文(中間紫領帶者)代表新竹清大前往揭碑,左三起依序為海峽研究院副院長郭樑、吳誠文、時任清大校友總會時任理事長謝詠芬、時任清大主任秘書李敏(現任原科院院長)。
12月27日,北京清華海峽研究院副院長郭樑率21名師生參訪新竹清大,新竹清大全球長趙啟超建議,雙方分以海峽研究院及自強基金會或推廣教育中心為平臺,提供短期企業培訓的機會。(國立清華大學105學年度第7次校務會報紀錄 )
2017
5月25日,新竹清華大學認知與心智科學中心進駐「清華海峽研究院」,新竹清大副校長林聖芬(前排左七著淺藍色襯衫男性)、認知與心智科學中心主任楊梵孛等人代表出席。根據清華大學新聞稿,該次合作將引進楊梵孛團隊及其技術共同開發醫療影像大數據及人工智能技術應用於神經類疾病,為廈門市健康醫療大數據試點城市的建設貢獻力量。