本條例經委員會初審通過之草案，至少存在以下十項缺失：
本條例既然以「促進國家重點領域產學合作及人才培育之創新，強化產業競爭力」為立法目的，在此目的下調集國家、企業與大學三方資源，自然必須回答「所培育人才為誰所用？所研發的技術為誰服務？」這個基本問題，就算不能為台灣重點領域的產業國家隊所用，至少必須確保不會淪落競爭對手手中，被用來打擊產業國家隊。
我國高科技產業一直與韓國處於競爭狀態，而近年來中國推動《中國製造2025》政策，加以美中貿易戰、科技戰持續，紅色供應鏈試圖取代我國產業國家隊，無疑地，韓國與中國是我國產業國家隊的主要競爭對手。本條例欠缺國家產業戰略觀，沒有禁止韓國、中國學生就讀、禁止接觸敏感實驗與企業營業秘密，也沒有禁止研究學院師生他日為競爭國產業效命，將來韓國、中國學生就讀吸收台灣產業寶貴技術後到三星、中芯服務，中韓二國就不必大費周章的對台灣挖角、竊取營業秘密。
根據本條例第六條及二十四條規定，研究學院可以獨立與企業簽訂產學合作契約包括研發成果的專利授權，對於這樣一個研發成果運用的重大權限，即便在民營企業，也要提經董事會審查通過。但是本條例規定，簽訂產學合作契約由院長一人獨斷，管理會、監督會無權置喙，產學會亦僅有權提供「諮詢意見」，如果院長圖利紅色供應鏈，要將護國神山台積電協助研發的專利授權予中芯國際設在第三地的人頭公司，規避投審會審查，現行草案竟然無人可擋。
本條例的基本精神在於強化國家隊的產業經爭力，因此，對於自願參與產學合作的重點企業必須適度進行資本結構管制，保留政府對於重點企業大規模股份轉讓的否決權，否則納稅人花錢培養的國家隊事後被中資收購後，所有研發成果、專利，馬上變成中國隊所有。我國資本市場對於外資財務性投資規範不足，無法防堵中資規避投審會審查，透過證券市場買入股票取得上市公司經營權，本條例應亡羊補牢。過去中資曾放話要買下台灣的IC設計公司，而目前各校推動研究學院恰恰以半導體IC設計最積極，這不是杞人憂天，而是真實存在的威脅。
根據本條例第二十二條及二十八條規定，國立大學將撥交校地給研究學院，研究學院得將經管之國有不動產及動產以出租、設定地上權或無償方式，提供合作企業開發、興建或營運，不受國有財產法第二十八條規定限制。將來山也BOT，海也BOT，大學也BOT，工廠就在宿舍邊，可以從碩博士階段，就近提前體會科學園區的爆肝人生。
本條例為企業量身訂做，規定研究學院排除大學法等十三項法規的適用，為減輕各界疑慮，教育部於立法院審查時強調「小規模創新環境，避免排擠國立大學資源」的「沙盒」實驗性質。然而，第三十條規定研究學院可與國立大學合聘教師，第三十六條規定研究學院編制內教師得申請借調至營利事業，如此，設了半導體研究學院後，可以挾企業的資金進一步與理學院合聘物理、化學、數學教師，與法學院合聘智慧財產權教師，與商學院合聘半導體產業分析教師，與醫學院及農學院合聘半導體應用教師，蠶食鯨吞，掏空大學，還可以借調大學教師到企業任職研發長，這其實是企業併購，而不是「沙盒」。
本條例雖然規定申請設立研究學院需校務會議通過，但是，做為研究學院核心規範的「創新計畫」或其草案卻完全不需要務會議審議。立法理由更說明「國立大學運作上應先就是否設立研究學院召開校務會議確認以達共識，並成立籌備處擬具創新計畫書及組織規程草案架構等，報主管機關核定其創新計畫」，校務會議同意申請研究學院的決議形同空白授權，成立之後研究學院即如脫疆之野馬，未來教學研究方向？招生與教師聘用制度？一校兩制的制度銜接？校務會議均無權置喙，校園民主蕩然無存。
本條例第三章以校務會議及監督會做為研究學院的監督機制，但是第十四條校務會議六項職權中，有三項是備查，第十六條監督會二十項職權中，有九項是備查。所謂「備查」，依地方制度法第2條第3款規定，係指下級政府或機關間就其 得全權處理之業務，依法完成法定效力後，陳報上級政府或主管機關知悉之謂，並非有效之監督手段。
本條例賦予研究學院獨立性與很大權限，排除大學法等十三項法律的適用，理應強化管理會的合議制與校務會議及監督會之監督，然而不僅校務會議及監督會的實質審議權有限，即便是管理會第十九條明列的法定任務中，亦多屬各種制度規定的制定，實際招生、教學、研究、產學合作、主管與職員聘任，預算編列與執行、是由研究學院院長一人獨裁「綜理院務」。
本條例共五十三條條文，既已逃脫校務會議掌控，亦不尊重學生意見。決定院務方向之審議會無學生代表；有學生代表之監督會實質上不具任何有效制衡權力，本條例踐踏校園民主、無視師生共治，儼然把大學校園當作職業培訓所，提早讓學生體會資本主義下勞動階級被宰割的命運。實務上來說，從事前課程規劃、事中院務審議、事後退場安排，研究學院學生悉數無從事先知悉、無從實質參與，再加上校務會議予研究學院海般大的空白授權，大學學生自治組織不知也無法幫助這些「校中校」、「校上校」的學生有效維護學生權益，實質違反大學法昭示的師生共治精神，研究學院學生商品化命運昭然若揭。
過去教育部推動的許多創新政策，因缺乏溝通、閉門造車，往往以失敗收場，甚至演變成災難，例如90年代「廣設高中大學」及「專科升格學院」等錯誤政策帶給高教莫大傷害，又如大力推動綜合高中，16年來已6成學校退場；1998年教育部開放國立大學以校務基金進用教學及研究人員，卻失控讓私立大學大量進用血汗專案教師、剝奪年輕博士教職機會；2005年立法院修改大學法，增訂教師評鑑制度，卻被私立大學濫用作為戕害學術自由、迫害教師人權及侵害校園民主的工具；2010年教育部鼓勵技專校院開設服務學習課程，結果開啟大專校院全面開設必修、零學分，以「學習」為名強迫大學生打掃校園的「服務學習」課程。教育部不少的誤錯政策，就像一個個被打開的潘朵拉盒，對教育和師生造成傷害，而今未與師生溝通就倉促強推產創條例沙盒，恐怕會打開另一個造成災難的潘朵拉盒。