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EMWER

• 時系列アレルデータから、選択圧やドミナンスを推定

• github

reactIDR

• github

Branco

• 系統樹上での塩基の広がり、保存の期待値を計算

• github

• data

SCOUP

• 一細胞シーケンシングデータから、各細胞の分化進行度や、遺伝子ごとの発現揺らぎの強さを推定

• https://github.com/hmatsu1226/SCOUP

ParasoR

• トランスクリプトームスケールで、大域的に辻褄の合う二次構造を並列計算により予測する

• https://github.com/carushi/ParasoR

Rtools

• RNA配列から、RNA二次構造に関する様々な統計量を計算

• http://rtools.cbrc.jp

CSP

• 次世代シーケンサーデータから、SNPフラグメントのエラーを除去

• https://sites.google.com/site/hmatsu1226/software/csp

CapR

• RNA配列の各塩基の二次構造コンテキストを出力

• https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr

MixSIH

• 次世代シーケンサデータから、ハプロタイプを推定

• https://sites.google.com/site/hmatsu1226/software/mixsih

Rchange

• 塩基置換にともなうRNA の二次構造的なエネルギー変化を計算

• http://rtools.cbrc.jp

Rentropy

• RNA の二次構造的なエントロピーを計算

Fdur

• 系統樹の十分統計量を計算

Raccess

• RNA の二次構造的アクセシビリティを計算

• http://rtools.cbrc.jp

Rfold

• 長い配列に対してRNAの塩基対確率を計算

• http://www.ncrna.org/software/rfold

Murlet

• RNAマルチプルアライメントプログラム

• https://www.ncrna.org/softwares/murlet

MccaskillMEA

• マルチプルアライメントからのRNA二次構造予測