EMWER
- 時系列アレルデータから、選択圧やドミナンスを推定
- github
reactIDR
SCOUP
- 一細胞シーケンシングデータから、各細胞の分化進行度や、遺伝子ごとの発現揺らぎの強さを推定
- https://github.com/hmatsu1226/SCOUP
ParasoR
- トランスクリプトームスケールで、大域的に辻褄の合う二次構造を並列計算により予測する
- https://github.com/carushi/ParasoR
Rtools
- RNA配列から、RNA二次構造に関する様々な統計量を計算
- http://rtools.cbrc.jp
CSP
- 次世代シーケンサーデータから、SNPフラグメントのエラーを除去
- https://sites.google.com/site/hmatsu1226/software/csp
CapR
- RNA配列の各塩基の二次構造コンテキストを出力
- https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr
MixSIH
- 次世代シーケンサデータから、ハプロタイプを推定
- https://sites.google.com/site/hmatsu1226/software/mixsih
Rchange
- 塩基置換にともなうRNA の二次構造的なエネルギー変化を計算
- http://rtools.cbrc.jp
Rentropy
- RNA の二次構造的なエントロピーを計算
Fdur
- 系統樹の十分統計量を計算
Raccess
- RNA の二次構造的アクセシビリティを計算
- http://rtools.cbrc.jp
Rfold
- 長い配列に対してRNAの塩基対確率を計算
- http://www.ncrna.org/software/rfold
Murlet
- RNAマルチプルアライメントプログラム
- https://www.ncrna.org/softwares/murlet
MccaskillMEA
- マルチプルアライメントからのRNA二次構造予測
