ท้องที่อำเภอพนมดงรักเดิมเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอกาบเชิง ทางราชการได้แบ่งพื้นที่การปกครองออกมาตั้งเป็น กิ่งอำเภอพนมดงรัก ตามประกาศกระทรวงมหาดไทยลงวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2538 โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน ปีเดียวกัน[1] และต่อมาเมื่อวันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ได้มีพระราชกฤษฎีกายกฐานะขึ้นเป็น อำเภอพนมดงรัก โดยมีผลบังคับตั้งแต่วันที่ 8 กันยายน ปีเดียวกัน[2]

โดยชื่อ "พนมดงรัก" มาจากเทือกเขาพนมดงรัก ซึ่งเป็นพรมแดนธรรมชาติกั้นระหว่างไทยกับกัมพูชาและลาว โดยคำว่า "พนมดงรัก" มาจากภาษาเขมรคำว่า "พนมดองแร็ก" (ជួរភ្នំដងរែក) แปลว่า "ภูเขาไม้คาน"