Nel progetto originario di Ruggero non era prevista una decorazione musiva come lasciano intendere sia l’impianto dell’edificio sia le crociere del presbiterio e quelle laterali del transetto. Così anche i tre rosoni, in seguito murati, posti al di sotto del catino absidale. Pertanto, i mosaici sarebbero frutto di un ripensamento avvenuto al tempo dello stesso Ruggero II morto nel 1154, come lo dimostra la data riferentesi ad essi, del 1148, posta in basso nell’emiciclo dell’abside. La decorazione musiva, verosimilmente era prevista per tutto l’interno dell’edificio sacro, come testimoniano la Cappella palatina di Palermo e il Duomo di Monreale, ma fu realizzata in minima parte, ricoprendo appena l’abside, circa la metà delle pareti laterali e le vele della prima crociera del presbiterio. Il paramento musivo che si dispone su una superficie di circa 650 metri quadrati, secondo gli esperti non è stato realizzato, tuttavia, da una sola maestranza e in una sola fase. Esso, piuttosto, appare realizzato in tre nuclei cronologicamente differenti. La data del 1148 si riferisce, infatti, ai mosaici della prima fase, ossia quelli dell’abside e della crociera; mentre quelli delle pareti, data la loro diversità di stile rispetto agli altri, sarebbero da ascrivere agli anni del figlio e successore di Ruggero, Guglielmo I (1154-1166). Per la realizzazione dei mosaici della prima fase (1148), Ruggero II chiamò maestri bizantini, di Costantinopoli, che dovettero adattare ad uno spazio architettonico di tradizione nordica, per loro anomalo, cicli decorativi di matrice orientale. L’attuale impianto musivo si presenta ordinato in quattro fasce delimitate orizzontalmente e verticalmente da cornici e motivi geometrici o vegetali stilizzati tranne quella che separa il catino dal resto dell’abside che si distingue dalle altre perché aggettante – campita com’è su una cornice a rilievo -, più larga e con una decorazione diversa formata da un tralcio di fiori e foglie. I mosaici della prima fase presentano ritmi lineari puri e organici, una raffinata gamma cromatica con accostamenti ed esiti ricercatissimi e preziosi. Come nobile appare l’imposto delle figure ieraticamente rappresentate sul fondo aureo. Alla prima fase del paramento musivo appartengono il Cristo Pantocratore, la Vergine orante fiancheggiata da quattro arcangeli: Michele, Gabriele, Uriele, Raffaele nel registro inferiore, i Santi Pietro e Paolo, gli Evangelisti Marco, Matteo, Giovanni e Luca nella terza fascia e, infine, nella quarta gli Apostoli Filippo, Giacomo, Andrea, Simone, Bartolomeo e Tommaso, simmetricamente disposti in gruppi di tre. L’analisi dei mosaici a distanza ravvicinata ha permesso di rilevare che la trama musiva delle figure specialemente dell’epoca ruggeriana, è minuta e curata, compatta al punto da ridurre al minimo gli intersizi tra tessera e tessera, e che le tessere sono regolari, di forma tendente al quadrangolare e piuttosto piccole. Persino nella colossale ma elegante figura del Pantocratore le tessere non superano i dieci millimetri per lato. Da sottolineare poi l’uso di tessere di madreperla, probabilmente raro anche nel mondo orientale. 

I Santi.

Tutte le figure in mosaico appaiono disposte su fondo aureo. Ciascuna figura è accompagnata dal proprio titulus in greco e in latino che ne permette l’esatta identificazione. Secondo la tradizione iconografica bizantina, le figure sono disposte come in una processione liturgica rispettando un principio rigidamente gerarchico. Sul catino dell’abside domina l’immagine ieratica del Cristo Pantocratore. I profeti che annunziarono l’avvento di Cristo sono collocati nei registri più alti della decorazione parietale. Nelle tre fasce sottostanti si trovano la Vergine Maria, Theotokos (la Madre di Dio), la Panaghia (la tutta santa), orante elegantemente drappeggiata, i cui piedi si poggiano su un cuscino regale. Ella è fiancheggiata da quattro arcangeli: Raffaele, Michele, Gabriele e Uriele. L’importanza cromatica delle vesti mette in risalto l’umanità di Maria (il bleu della tunica) rivestita dalla grazia divina (il rosso del manto). Nella seconda, ai lati della finestra centrale ci sono gli apostoli Pietro e Paolo accompagnati dagli evangelisti: Marco, Matteo, Giovanni e Luca, nella terza fascia. Infine, nella quarta fascia sono rappresentati gli apostoli Filippo, Giacomo, Andrea, Simone, Bartolomeo e Tommaso. Simmetricamente disposti in gruppi di tre. Sulle pareti del bema, i mosaici di fattura successiva rappresentano le icone dei Santi e Profeti che dall’altezza della partitura delle figure absidali si dispongono su quattro registri. Sulla parete sinistra racchiuso in un tondo appare la figura di Melchisedek fiancheggiata dalle figure intere di Osea e Mosé. Nella fascia immediatamente inferiore stanno Gioele, Amos e Abdia. Più sotto i santi diaconi Pietro, Vincenzo, Lorenzo e Stefano. Più in basso sono infine rappresentati i Santi Gregorio, Agostino, Silvestro e Dionigi. Sulla parete destra, nella fascia superiore, si trova la figura a mezzo busto di Abramo, racchiusa entro un tondo e fiancheggiata dalle figure intere di Davide e Salomone. Nella fascia sottostante sono raffigurati i Profeti Giona, Michea e Nahum, cui seguono i Santi guerrieri Teodoro, Giorgio, Demetrio e Nestore. Nella fascia inferiore, infine. Le figure dei Santi orientali Nicola, Basilio, Giovanni Crisostomo e Gregorio Nazianzeno. Nei mosaici delle vele della crociera sono rappresentati Cherubini, Serafini e altre figure angeliche.