La cripta dei vescovi è realizzata in quella che un tempo, era una delle camere di preparazione alla mummificazione dei cadaveri, prassi in uso nella Sicilia spagnola tra XVII e XIX secolo. La stanza, di probabile origine normanna, venne modificata intorno al XVII secolo. A pianta quadrata e coperta da una volta a botte in blocchi di tufo, presentava 16 colatoi a seduta. Ai lati si trovano due coppie di sepolture che ospitano rispettivamente i corpi di Giuseppe Misuraca (+1962), arcivescovo titolare di Cesarea in Cappadocia, Francesco Sgalambro (+2016), 72mo vescovo di Cefalù (2000-2009), Rosario Mazzola (+2018), 71mo vescovo di Cefalù (1988-2000). In una delle nicchie è conservata l'urna di Anselmo Evangelista Sansoni, O.Min., 65mo vescovo di Cefalù (1907-1921).