法鼓文理學院，由現任惠敏校長負責教育專業領導與學校行政管理之二大工作面向，統領本校主要三大組織架構，分別為教學單位、學術與研究中心與行政單位，如下：

1) 教學單位：教學單位目前設有「佛教學系」學士、碩士、博士班、以及「人文社會學群」四個碩士學位學程，分別為「生命教育、社區再造、環境與發展、社會企業與創新」碩士學位學程，目前學生總數約305人，以精緻化與小班制的教學方式為辦學特色。

2) 學術與研究中心：為激勵教學、研究等學術活動的研究能量，並提供與之相應產學、推廣動能，本校設有三個具校院特色代表性的校級中心，分別為「心靈環保研究中心、禪文化研究中心、推廣教育中心」。

3) 行政單位：為符合第三類綜合大學的發展規模，本校主要為二級制的行政單位組織架構，以提供師生精要且高效率之校內、外行政服務。一級單位方面，主要有七個部門「教研處、學生事務處、總務處、圖書資訊館」主要與師生之教學、研究、產學、國際化等活動相關，「秘書室、人事室、會計室」為一般性之行政部門；二級單位方面，在行政單位下分別為「教務組、研究發組、國際事務組、學術出版組、語言翻譯中心、課外活動與生活輔導組、諮商輔導暨校友聯絡中心、營繕組、庶務組、專案營運組、圖書組、資訊與傳播組、數位典藏組、秘書組、文書組、稽核組、大願校史館、校園安全暨災害防救通報處理中心」。