ประถม
มัธยมศึกษาตอนต้น
มัธยมศึกษาตอนปลาย
ดังนั้น เพื่อเป็นการส่งเสริมการจัดการเรียนการสอนในสถาบันศึกษาปอเนาะให้มีคุณภาพและประสิทธิภาพ พร้อมกับให้ผู้เรียนได้รับวุฒิบัตรเมื่อสำเร็จการศึกษาและสามารถศึกษาต่อในระดับที่สูงขึ้น ตลอดจนเพื่อสนองความต้องการของโต๊ะครู ผู้เรียน ผู้ปกครองและชุมชน ในการพัฒนาการจัดการเรียนการสอนของสถาบันศึกษาปอเนาะที่เหมาะสมกับสภาพความเปลี่ยนแปลงทางสังคมปัจจุบัน