El Liceo Bicentenario Santa María de Iquique nace, el año 2011, en el contexto del Programa “Liceos Bicentenarios de Excelencia” de Chile, cuyo propósito fundamental es generar nuevas oportunidades de educación de calidad a los alumnos del sistema subvencionado, otorgándoles herramientas efectivas para que puedan alcanzar mejores resultados académicos y acceder a la educación superior.

Las escuelas seleccionadas, para comenzar el Proyecto en la Comuna de Iquique, fueron la Escuela de varones Domingo Santa María y la Escuela de niñas Javiera Carrera Verdugo. Ambos establecimientos eran considerados emblemáticos, tenían una gran demanda de matrícula y ocupaban el edificio, ubicado en Zegers 818, que sufrió graves daños estructurales en el terremoto del año 2005, por lo que niños, niñas y funcionarios tuvieron que emigrar a otros establecimientos permaneciendo, en calidad de allegados, hasta el 22 de abril de 2014, fecha en la que se entrega a la comunidad educativa del Liceo Bicentenario Santa María de Iquique, el moderno edificio que ahora ocupa.

La Escuela de varones, N° 1, Domingo Santa María fue inicialmente construida en 1883, y su nombre se debe al presidente de Chile de ese entonces, Domingo Santa María. Su primer edificio de madera corresponde al lugar donde se concentró la mayor parte de la huelga del salitre de 1907, que terminó con la matanza que lleva su nombre. Posteriormente, el 7 de marzo de 1928, el establecimiento original fue destruido completamente por un incendio, construyéndose de concreto el año 1936. La Escuela de niñas, N° 9, Javiera Carrera Verdugo, fue creada el año 1887. El año 2013 pasa a formar parte de lo que es hoy el Liceo Bicentenario Santa María.