L'Istituto Tecnico Trasporti e Logistica (I.T.T.L.) ex nautico "Marcantonio Colonna" fu istituito il 16 ottobre 1937 per iniziativa governativa, volta a fondare a Roma un istituto nautico che rispondesse alla vocazione marittima nazionale. Nonostante l'atto istitutivo formale sia del 17 maggio 1938, i corsi di studio presero il via già in ottobre, inizialmente con una durata quadriennale.

La prima sede fu pianificata al Lido di Ostia, con la posa della prima pietra avvenuta il 10 giugno 1939 per un edificio che avrebbe dovuto avere la forma di una nave, con uno stanziamento di 9.240.000 lire. Tuttavia, a causa degli eventi bellici, l'ambizioso progetto fu interrotto: nel 1943, un'ordinanza tedesca impose lo sgombero di Ostia e l'Istituto fu trasferito a Roma.

Dopo una serie di sedi temporanee nella Capitale, l'I.T.T.L. "Colonna" si stabilì definitivamente nell'attuale struttura di Via Pincherle 201 nel 1970, al termine dei lavori di costruzione. Un capitolo importante della sua storia fu l'acquisizione della nave-scuola "Marcantonio Colonna" ultimata nel 1966. La nave rimase di proprietà dell'Istituto fino al 1975, quando la cessazione dei contributi ne impose la vendita alla Guardia di Finanza.