ลักษณะการปกครองของไทยในสมัยสุโขทัยยุคแรกเป็นไปอย่างเรียบง่ายสภาพสังคมยังไม่ซับซ้อนการจัดระเบียบการบริหารราชการแผ่นดินจึงยังไม่เป็นทางการมากนัก การใช้อำนาจตุลาการเป็นไปในลักษณะการชำระความแบบพ่อปกครองลูก โดยพระมหากษัตริย์ทรงเป็นผู้ใช้อำนาจสูงสุดในการตัดสินคดีความ ต่อมาในสมัยสุโขทัยตอนปลาย เมื่อสังคมเริ่มขยายตัวและมีความซับซ้อนมากขึ้น รูปแบบการปกครองได้พัฒนาให้มีแบบแผนมากขึ้น โดยแบ่งส่วนราชการออกเป็น 4 กรม ได้แก่ เวียง วัง คลัง และนา ซึ่งมีเสนาบดีกรมวังเป็นผู้ชำระความแทนพระมหากษัตริย์ อย่างไรก็ตาม อำนาจทางตุลาการอย่างเด็ดขาดยังคงเป็นของพระมหากษัตริย์

          ในสมัยกรุงศรีอยุธยา รูปแบบการชำระความได้มีการปรับปรุงให้เป็นระบบมากขึ้น จนกระทั่งมีการจัดตั้งศาลขึ้นเป็นครั้งแรก และเริ่มมีศาลในกรมอื่น ๆ เพิ่มขึ้นเพื่อรองรับปริมาณคดีที่เพิ่มมากขึ้นตามการขยายตัวของบ้านเมืองเมื่อเข้าสู่สมัยกรุงรัตนโกสินทร์การจัดการศาลมีความซับซ้อนมากขึ้น ศาลกระจัดกระจายอยู่ตามกระทรวงกรมต่าง ๆ ส่งผลให้เกิดปัญหาหลายประการ ได้แก่ ความไม่เหมาะสมของระบบการศาลเดิม ซึ่งทำให้การพิจารณาคดีล่าช้า สับสน และเกิดปัญหาอำนาจศาล ความไม่เหมาะสมของวิธีพิจารณาความและการลงโทษที่ขาดความเป็นธรรม รวมถึงแรงกดดันจากต่างประเทศด้านการศาล เนื่องจากชาวต่างประเทศมีสิทธิสภาพนอกอาณาเขต ส่งผลกระทบต่ออธิปไตยและการบังคับใช้กฎหมายของไทย

              ด้วยเหตุผลดังกล่าว พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งกระทรวงยุติธรรมขึ้นเมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2434 เพื่อรวบรวมศาลที่กระจัดกระจายอยู่ตามกระทรวงต่าง ๆ ให้มาอยู่ในหน่วยงานเดียวกัน และวางรูปแบบศาลรวมถึงกำหนดวิธีพิจารณาคดีขึ้นใหม่ โดยมีกรมพระสวัสดิวัฒนวิศิษฎ์เป็นเสนาบดีกระทรวงยุติธรรมคนแรก ซึ่งได้ทรงวางระเบียบศาลตามแบบใหม่ ลดจำนวนศาลจากเดิมให้เหลือศาลสถิตย์ยุติธรรมที่มีความเป็นระบบมากขึ้น ต่อมาในสมัยพระองค์เจ้าระพีพัฒนศักดิ์ กรมหลวงราชบุรีดิเรกฤทธิ์ ซึ่งทรงดำรงตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงยุติธรรม ได้มีการจัดตั้งโรงเรียนกฎหมายขึ้นในกระทรวงยุติธรรม เพื่อสั่งสอนวิชากฎหมายตามแบบอารยประเทศ และวางรากฐานการศึกษากฎหมายของไทย จนทรงได้รับการยกย่องให้เป็นบรมครูกฎหมาย

         ในเวลาต่อมา ได้มีการประกาศใช้พระธรรมนูญศาลยุติธรรมและกฎหมายวิธีพิจารณาความต่าง ๆ ส่งผลให้มีการปรับปรุงโครงสร้างการศาลให้มีความชัดเจน แบ่งศาลออกเป็น 3 ชั้น ได้แก่ ศาลชั้นต้น ศาลอุทธรณ์ และศาลฎีกา รวมทั้งมีการแยกงานฝ่ายธุรการออกจากฝ่ายตุลาการ และยึดหลักความเป็นอิสระของผู้พิพากษาในการพิจารณาพิพากษาคดี

         ต่อมาได้มีการจัดตั้งศาลเฉพาะด้าน เช่น ศาลคดีเด็กและเยาวชนซึ่งพัฒนามาเป็นศาลเยาวชนและครอบครัว และการจัดตั้งศาลชำนัญพิเศษ เพื่อให้การพิจารณาคดีเป็นไปอย่างเหมาะสมกับลักษณะคดีและมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น ภายหลังการประกาศใช้รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 ได้มีการแยกศาลยุติธรรมออกจากกระทรวงยุติธรรมอย่างเป็นทางการตั้งแต่วันที่ 20 สิงหาคม พ.ศ. 2543 ส่งผลให้กระทรวงยุติธรรมปรับบทบาทมุ่งเน้นด้านการบริหารจัดการกระบวนการยุติธรรม การคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ และการสนับสนุนการอำนวยความยุติธรรมแก่ประชาชนอย่างเสมอภาค เป็นธรรม และทั่วถึง

วิสัยทัศน์

"อำนวยความยุติธรรม ลดความเหลื่อมล้ำ สร้างความเป็นธรรมในสังคม"

พันธกิจ

1. กำหนดนโยบายและแผน ทิศทางการพัฒนา และบูรณาการงานยุติธรรม

2. ให้บริการงานยุติธรรมเพื่อให้ประชาชนเข้าถึงความยุติธรรม

3. เพิ่มประสิทธิภาพการบังคับใช้กฎหมายและพัฒนากระบวนการยุติธรรม

4. พัฒนาพฤตินิสัยผู้กระทำผิดให้เป็นคนดี และอยู่ร่วมในสังคมได้อย่างปกติสุข