蝙蝠人畜共通傳染病

超過1,462種的蝙蝠，分布在地球絕大部分的陸地區域，唯一會飛且為哺乳類第二大群的牠們在生態系統扮演著非常重要的角色。

除了在全球許多生態系中有舉足輕重的地位外，蝙蝠的確還被公認為某些病毒的宿主，這些病毒會影響人類健康。
這些源自動物而感染人類的疾病就稱為人畜共通傳染病（zoonoses or zoonotic diseases），意思也就是源自動物的人類疾病。

病毒（或其他疾病傳播媒介）從野生動物的世界進入人類的傳播通常是起因於人類對環境的改變的結果。例如，砍伐原始森林破壞蝙蝠原棲息地再利用原本的蝙蝠棲地，以及集約化畜牧業的發展，這意味著蝙蝠被迫比自然生活得更接近人類、我們的寵物甚至牲畜。這種更緊密的接觸可能導致直接或通過中間宿主（例如牲畜）將病毒傳播到人群中的情況。

蝙蝠與人類相關疾病（連結至衛生福利部疾病管制署）
Ebola  伊波拉病毒
Marburg  馬堡病毒
Severe Acute Respiratory Syndrome (caused by the coronavirus SARS-CoV)  嚴重急性呼吸道症候群
Middle East Respiratory Syndrome (also caused by a coronavirus, MERS-CoV) 中東呼吸症候群冠狀病毒感染症
Hendra (a Henipavirus)   亨尼巴病毒
Nipah  立百病毒感染症
Lyssavirus  麗沙病毒

麗沙病毒（Lyssavirus）中的狂犬病（Rabies）就是最著名的人畜共通傳染病，主要透過被感染動物的咬、抓和黏膜暴露而傳播。目前還沒有進入蝙蝠棲所、洞穴等被感染的案例。
沙門氏菌病（Salmonellosis ）和耶爾森菌病（Yersiniosis）是通過接觸和攝入被感染動物的糞便獲得的。組織胞漿菌病（Histoplasmosis），隱球菌病（cryptococcosis）和芽孢桿菌病（blastomycosis）則屬於真菌感染，偶爾會感染蝙蝠，並且可能會出現在蝙蝠排遺中。感染了這些細菌和真菌疾病的動物通常會出現腹瀉，但有些動物可能沒有任何疾病症狀。避免直接接觸糞便和尿液，並戴手套和洗手，以免意外攝入動物糞便。任何有腹瀉的動物都應懷疑患有人畜共患病。

蝙蝠的外寄生蟲
跳蚤、壁蝨、蜱、蟎等外部寄生蟲有時會與受感染的蝙蝠或受感染的蝙蝠棲息地密切接觸而傳播。來自外部寄生蟲（例如壁蝨）的叮咬可能傳播媒介傳播的人畜共患疾病，例如巴東蟲症（bartonellosis），艾利希氏體症（Ehrlichiosis）和伯氏疏螺旋體（borreliosis）。動物和動物居住區應進行外部寄生蟲治療。