La historia de la carrera de Ingeniería Industrial en la FES Aragón tiene su origen en la carrera de Ingeniería Mecánica Eléctrica (IME), la cual formó parte de la oferta académica de la UNAM desde el siglo XIX, cuando se creó la Escuela Nacional de Ingenieros. En 1967, como parte de una reforma impulsada por el entonces rector Javier Barros Sierra, el plan de estudios de IME se diversificó en cinco áreas, entre ellas Ingeniería Industrial.
Durante los años siguientes, la ENEP Aragón (hoy FES Aragón), fundada en 1975 e iniciando labores en 1976, adoptó estos planes, siendo modificados parcialmente en 1979 y luego en 1992 tras un largo proceso de revisión interna. En 1994, se integró la asignatura de "Computadoras y Programación", marcando la última modificación significativa del plan IME.
En 2004, se elaboró el Diagnóstico de la carrera de IME en la ENEP Aragón, el cual concluyó que el perfil del ingeniero mecánico electricista no respondía adecuadamente a las nuevas exigencias del mercado laboral. Como resultado, en 2005 se propuso la creación de tres nuevas licenciaturas: Ingeniería Industrial, Ingeniería Mecánica e Ingeniería Eléctrica-Electrónica (Acuerdo No. 10022 del 22 de abril de 2005).
Finalmente, el plan de estudios de Ingeniería Industrial fue aprobado el 28 de marzo de 2008, y en agosto de ese mismo año se recibió a la primera generación. Este plan formó profesionales enfocados en la optimización de recursos humanos, materiales, técnicos y financieros.
Durante su vigencia, logró importantes acreditaciones:
29 de marzo de 2014: Acreditación nacional por el CACEI.
9 de julio de 2019: Acreditación internacional por el mismo organismo.
Estas acreditaciones confirmaron la calidad del plan y sentaron las bases para su eventual renovación.