Es uno de los santos de mayor brillo en el santoral agustiniano. Nació en Fuenllana (España), un pequeño pueblo de la provincia de Ciudad Real, el año 1486. A causa de una epidemia de peste, su madre se marchó a la villa próxima de Fuenllana, de la que procedía, hasta dar a luz y que cesase el peligro y la angustia que ocasionaba ese mal; poco tiempo después regresó a Villanueva, en la que transcurrió su infancia. La educación recibida de sus padres y su paso como alumno por el convento franciscano de Villanueva de los Infantes, marcaron en su alma una particular sensibilidad por los pobres. Más tarde, recibiría el título de “Limosnero de Dios” y “Arzobispo de los pobres”.
La puerta de su casa solariega siempre estuvo abierta para socorrer a los necesitados; siendo muy niño volvió a casa varias veces vestido de harapos porque su ropa la había entregado a los pobres; otro día, estando solo en casa, ante la petición angustiosa de unos necesitados, y no teniendo nada que ofrecerles, fue entregando, uno a uno, los pollos que había en el corral.
Los años en contacto con la Universidad de Alcalá, donde obtuvo el título de Maestro en artes, dejaron en Tomás una profunda huella humanística. De Alcalá pasó a Salamanca y aquí ingresó en el Convento de San Agustín, lugar de su profesión religiosa, que se celebró el 25 de noviembre de 1517. Después de la ordenación sacerdotal – en 1518 -, los superiores le encomendaron distintas tareas de gobierno y los cargos se sucedieron uno tras otro como Prior, Provincial, Visitador… Su mayor empeño era la vida de las comunidades y la observancia responsable de las normas. También promovió el envío de misioneros agustinos al Nuevo Mundo. Confesor y predicador de Carlos V. Al quedar vacante la sede de Valencia fue propuesto – contra su voluntad- arzobispo de aquella diócesis mediterránea en 1544.
Fray Tomás encontró una diócesis abandonada después de más de un siglo sin obispo residencial. Visitó una a una todas las parroquias, convocó un sínodo en 1548, adelantándose a Trento. Fundó en 1550 el Colegio-seminario de la Presentación para atender la formación de clero e intentó la evangelización de los moriscos.
Gozó de fama por su gran austeridad personal (llegó a vender el jergón donde dormía para dar el dinero a los pobres) y por su ejercicio continuo e infatigable de la caridad, especialmente con los huérfanos, con las doncellas pobres y sin dote y con los enfermos. «La limosna no sólo es dar, sino sacar de la necesidad al que la padece y librarla de ella cuando fuere posible.», escribió.
El obispo agustino de Valencia vertía su formación universitaria en la predicación y en los escritos ascéticos y místicos. Sus fuentes preferidas eran la Biblia, los Padres de la Iglesia (con atención especial a San Agustín) y los autores espirituales de la época.
Murió en 1555. Fue declarado beato en 1618 por Pablo V y proclamado santo por Alejandro VII el 1 de noviembre de 1688. Sus restos mortales se conservan en la catedral de Valencia.
La figura de fray Tomás de Villanueva pronto se popularizó y fue aclamado como “Padre de los Pobres”; así lo fijó la iconografía basándose en la imagen vestido de agustino y con los atributos pontificales de su oficio —capa pluvial, palio, báculo y mitra—, con una bolsa en la mano y entregando unas monedas a los pobres. De esta forma aparece en la serie de lienzos que Murillo pintó para el Convento de Agustinos y de Capuchinos de Sevilla, hoy repartidos por los museos de Sevilla, Múnich, Cincinnati, Estrasburgo, Los Ángeles, Londres y Florida. Los grandes maestros del Barroco difundirán esa imagen de santo Tomás como Carreño, Cerezo, Juan de Juanes, Maella, Fancelli, Coello, Zurbarán, Ribalta, y lo mismo harán los escultores y grabadores.