La de Santa Magdalena de Nagasaki es una historia de amor a Cristo y de entrega absoluta a la fe. En Japón del siglo XV, mantener la fe cristiana y profesarla era algo perseguido por las autoridades. Sin embargo, esto no amedrentó a Santa Magdalena, quien siendo joven encaró decididamente su compromiso cristiano.

Los agustinos iniciaron la tarea de evangelizar Japón en 1602.  Pero en 1614 la benevolencia que habían tenido los gobernantes da un giro completo. Mercaderes holandeses e ingleses establecidos en Tokio fueron desacreditando a los misioneros católicos convenciendo al Daifusama de que conspiraban a favor de una conquista del país por el rey de España. Daifusama, dándoles crédito, publicó, en 1614, un decreto de expulsión de todos los misioneros y la destrucción de sus iglesias, dando así inicio a una persecución que duraría hasta el 1660, de forma cada vez más violenta. Al final de la persecución el número de mártires pasaba de 200.000.