Software

C言語による分子動力学シミュレーションのプログラム

• mdc  (Classical Molecular Dynamics Code)
  
  古典系分子動力学計算コード。UNIX-OS 上で動作します。クーロン力は EWALD 用いて計算し、粒子速度スケーリングにより温度を調節し， セルサイズスケーリングにより圧力をコントロールします。数値積分法は、Verlet法（速度形式）または Gear 法（k=7）が選択できます。Makefile の指定によりＸウインドウ版が生成されます。
  
  
  

• pr-mdc (Parrinello-Rahman's method for the pressure regulation, beta test)
  
  パリネロ・ラーマン法による圧力制御を組み込んだ古典系分子動力学計算コード。テスト版です。
  
  
  

• tbmdc (Tight-binding MD code)
  
  強結合近似分子動力学計算コード。Ｘｕによる炭素のタイトバインディングパラメータを使用。完全対角化計算。
  
  
  

• tbmdc-localize (Tight-binding MD code with the O(N) method)
  
  フェルミマトリックス法によるオーダーＮ強結合近似分子動力学計算コード。
  
  
  

• abmd (Car-Parrinello Molecular Dynamics)
  
  第１原理電子構造計算コード。LDA擬ポテンシャルを用いたカー・パリネロダイナミクス。Si系，SiとHの系の計算が可能。ただしCubic系でｋ点はガンマ点のみ。かなり以前にＪＣＰＥで配布されていたCamp ATAMI（フォートラン）のソースコードと解説書を参考にしてＣで作りました。Camp ATAMIの開発者の方々に感謝します。

• RWCA:  C Program for the Cellular Automaton Random Walkers
  
  ランダムウォークセルオートマトンモデルのプログラム。1次元，2次元，3次元版。X-Windowsバージョンもmakeできます。平均二乗変位などの解析結果はfilesディレクトリに保存されます。C programs for RWCA (Cellular Automaton Model for Random Walkers). Please refer to the references listed below for more details.
  
  

• Refs

  1. K. Nishidate, M. Baba, H. Chiba, T. Ito, K. Kodama and K. Nishikawa,  'Probabilistic Cellular Automaton for Random Walkers',  Journal of the Physical Society of Japan, Vol. 69, pp. 1352-1355, 2000. 

  2. K. Nishidate, M. Baba and R. J. Gaylord,  'Cellular automaton model for Biased Diffusive Traffic Flow', Journal of the Physical Society of Japan, Vol. 65, pp. 3415-3418, 1996.

  3. K. Nishidate, M. Baba, and R. J. Gaylord, 'Cellular Automaton Model for Random Walkers', Physical Review Letters, Vol. 77, pp. 1675-1678, 1996.