本学は1908年の世界聖公会大会の感謝献金を基礎として、東京三一神学校、聖教社神学校が合併し、1911年に設立されました（後に、大阪三一神学校も合併）。

その後、戦時下での外国人教授辞任、政府の指示による廃校などを経て1946年、学校法人「聖公会神学院」となり、校舎も池袋、湯島を経て1953年現在地に移転、今日までに約600名の卒業・修了生（校友）が日本聖公会の諸教会はじめ諸施設、また海外の諸教会の働きへと遣わされてきました。

施設は、諸聖徒礼拝堂、本館、学生寮、教員住宅があり、原則として全寮制の共同生活が営まれています。

約3万冊の蔵書を備えた図書館もあります。