仁德鄉，南北狹長，境內交通未克暢通，影響學子讀書，其中以鄉內「大甲、依仁、文賢、虎山」等四國小學區為最：上級暨地方人士有鑒於此，遂在民國65年8月，擇仁德鄉保安村西側，設「臺南縣立仁德國民中學文賢分部」，先後由王明信、尤敏正、黃登琳三位先生擔任分部主任，創校之初備極艱辛。
民國70年8月，奉准設立本校，定名為「臺南縣立文賢國民中學」，99年12月25日因台南縣、市合併改制直轄市，本校校名更名為「臺南市立仁德文賢國民中學」。
民國70年8月，省府指派徐欽璋先生為首任校長，積極興建教室，充實設備，美化環境，獎助優秀學生等措施，唯其不幸於73年5月任期內亡故，師生哀慟逾恆。
73年8月，省府派郭文將先生接掌本校，為第二任校長。
郭文將校長任職以返，時刻戒慎恐懼，銳意革新，以恢宏師道尊為首稱，加強教學工作，陶冶學生品格，重視境教功能，力求學生五育均衡發展，使本校成為培養「活活潑潑的好學生，堂堂正正的好國民」之理想學府。
80年3月郭校長奉調，省府令派吳義雄先生接任，為第三任校長。
吳義雄校長接掌校務，期能傳承「文賢」優良傳統、學風，努力不懈：並時時秉持「學生第一，教師為先」的工作理念，至誠服務。冀望營造一個祥和，愉悅的學園，讓「文賢」更進步，更茁壯。
82年3月12日吳校長奉調下營國中，省府令派黃光明先生接任，為第四任校長。
黃光明校長生長於本鄉，以校為家，美化綠化校園，倡導企業經營，落實人文關懷：期勉學生「心中有愛、常懷感恩」，其人本教育的精神，反映在文賢的歷史與傳承。
87年8月黃校長榮調，省府令派陳仁政校長接任，為第五任校長。
陳仁政校長紹承前賢、繼往開來，以教育的大愛充分發揚有教無類的精神，並深入社區，發揮學校社教功能。在良好的基礎下，對學生高度關懷，全心付出；陶鑄學生體魄，發展學生才藝，精益求精，更上層樓。
94年8月陳校長榮調沙崙國中，縣府遴聘蔡芳梅校長接任，為第六任校長。
蔡芳梅校長承續歷任校長奠定的優質學風，用「心、新」深植團隊，著重教育生活化、境教的陶融及學生品德教育的力行實踐，蘊育學生兼備品格教養與人文關懷，珍惜親師生之緣，共創精緻溫馨的校園文化及「孝親、敬師、感恩、惜福」的文賢學子。
101年8月蔡校長榮調山上國中，市府教育局遴聘林世昌校長接任，為本校第七任校長。
林世昌校長除延續學校精緻溫馨學風，並配合12年國民基本教育變革契機，秉持「活力、感恩、負責、創新」學校經營願景，積極發展學校閱讀、藝文、體適能、科學及品格教育特色課程，以培養新世紀具備國際競爭基礎能力之仁德文賢學子為目標，企盼以卓越績效迎接少子化挑戰，創建學校永續經營新根基。
105年8月林世昌校長榮退，市府教育局遴聘標耿安校長接任，為本校第八任校長。
標耿安校長秉承歷任校長經營奠定之鴻基，帶領行政與教學團隊經營校務、開發學生潛能，創造優質校園。
108年8月標耿安校長榮退，市府教育局遴聘陳麗如校長接任，為本校第九任校長。
陳麗如校長秉持「學生第一、教育優先」之理念戮力辦學，首重品德教育、生活常規的實踐，並積極推展學校特色課程、提供學生多元展能舞台，締造佳績無數。更引進社區資源、結合在地文化、激勵並帶領教師團隊邁向教學卓越－發展【美力仁文】校本特色課程、用愛與關懷實踐人文精神，期能培養「適性揚才、惜福感恩、生活實踐、勇於挑戰、樂於分享」的仁德文賢學子，積極建構溫馨有愛、優質永續的創客校園。