Djelatnost Zavoda je obavljanje javnozdravstvene djelatnosti koja obuhvata:
1. predlaže programe zdravstvene zaštite iz djelokruga svog rada;
2. provodi zdravstveno statistička istraživanja u svrhu praćenja, procjene i analize zdravstvenog stanja stanovništva, kao i organizacije i rada zdravstvenih ustanova za područje kantona;
3. prati, ocjenjuje i analizira zdravstveno stanje stanovništva, kao i organizaciju i rad zdravstvenih¸ ustanova na području kantona;
4. planira, organizuje i provodi aktivnosti promocije zdravlja i zdravstvenog vaspitanja stanovništva;
5. učestvuje u planiranju, predlaganju i provođenju mjera za sprečavanje, rano otkrivanje i suzbijanje hroničnih masovnih bolesti, uključujući i bolesti ovisnosti;
6. prati, analizira i ocjenjuje uticaj okoline i hrane na zdravstveno stanje stanovništva na području kantona, te predlaže mjere za unapređenje stanja u oblasti;
7. provodi preventivno vaspitne mjere zdravstvene zaštite u osnovnim i srednjim školama, kao i fakultetima za područje kantona;
8. koordiniše, usklađuje i stručno povezuje rad zdravstvenih ustanova za područje kantona;
9. kontinuirano provodi mjere higijensko-epidemiološke zaštite i nadzora sa epidemiološkom analizom stanja na području kantona i provodi protivepidemijske mjere, te nadzire provođenje obaveznih imunizacija;
10. obavlja raspodjelu obaveznih vakcina zdravstvenim ustanovama na primarnom nivou zdravstvene zaštite na području kantona,
11. nadzire provođenje mjera dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije, te provodi preventivne i protivepidemijske postupke dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije za područje kantona;
12. obavlja sanitarnu hemijsku i sanitarnu mikrobiološku dijagnostičku djelatnost;
13. učestvuje u izradi i provođenju pojedinih programa zdravstvene zaštite u vanrednim prilikama;
14. provodi poslove higijensko-epidemiološke službe za područje kantona;
15. sarađuje sa drugim zdravstvenim ustanovama na području kantona, kao i sa nadležnim organima lokalne samouprave i drugim ustanovama i organizacijama od značaja za unapređenje javnog zdravlja.
Zavod pored poslova iz stava 1. ovog člana, može obavljati i sljedeće poslove:
16. planira, organizuje i provodi djelatnost kontinuirane medicinske edukacije i kontinuiranog profesionalnog razvoja u sektoru zdravstva;
17. izrađuje, implementira i evaluira projekte u oblasti zdravstva i zdravstvene zaštite;
18. provodi obuku zaposlenih za sticanje osnovnih znanja o higijeni životnih namirnica i predmeta opšte upotrebe, kao i ličnoj higijeni lica koja rade u proizvodnji i prometu životnih namirnica i predmeta opšte upotrebe;
19. obavlja hemijske, bakteriološke, serološke, toksikološke i virusološke preglede i ispitivanja u vezi sa proizvodnjom i prometom životnih namirnica, vode, vazduha i predmeta opšte upotrebe, kao i preglede u vezi sa dijagnostikom zaraznih i nezaraznih bolesti;
20. ispituje zdravstvenu ispravnost vode za piće, vode za dijalizu, vode za rekreaciju, površinske i otpadne vode, stanje vodoopskrbe, te zdravstvenu ispravnost životnih namirnica i predmeta opšte upotrebe;
21. provodi mjere dezinfekcije, dezinsekcije i deratizacije;
22. predlaže i provodi aktivnosti na unapređenju sistema zdravstvene bezbjednosti proizvodnje i prometa životnih namirnica, vode i predmeta opšte upotrebe u cilju smanjenja rizika od obolijevanja i drugih štetnih posljedica po zdravlje,
23. vrši zdravstveni nadzor nad kliconošama, zaposlenim i drugim licima u skladu sa propisima o zaštiti stanovništva od zaraznih bolesti;
24. daje stručno mišljenje o opravdanosti osnivanja, proširenja, promjene ili prestanka rada zdravstvene ustanove na području kantona;
25. vrši sanitarne preglede zaposlenih koji se obavezno provode radi zaštite stanovništva od zaraznih bolesti, zaštite potrošača, odnosno korisnika;
26. učestvuju u provođenju vanjske provjere kvaliteta stručnog rada u drugim zdravstvenim ustanovama i privatnoj praksi;
27. bavi se izdavanjem raznih oblika publikacija iz djelokruga svog rada;
28. obavlja i druge poslove u skladu sa zakonom.