Les  horaires, pour la formation initiale, s'organisent comme suit :

- Communication et expression : 3h (1re année), 2h (2ème année)

- Mathématiques pour l'informatique : 3h (1ere et 2ème année)

- Analyse économique, managériale et juridique des services informatiques : 5h (1ère et 2ème année)

- Méthodes et techniques informatiques : enseignement commun (16h au 1er semestre, 8h au 2ème semestre, 4h aux 3ème et 4ème semestre), enseignement de spécialisation (8h au 2ème semestre, 12h aux 3ème et 4ème semestres), projet personnel encadré (4h en 1ère et 2ème année).

La durée des stages est de 10 semaines à effectuer au cours des deux années de formation, avec nécessairement une période de quatre à cinq semaines consécutives en fin de première année et une période de cinq à six semaines consécutives en deuxième année.

Le BTS SIO peut également être suivi en formation en alternance.