История Болотнинского района как единой территориальной единицы Новосибирской области, насчитывает всего несколько десятилетий. Болотнинский район был образован в 1924 году.

Своим появлением Болотнинский район обязан Сибирскому тракту. В «Легендах и сказах Западной Сибири» о возникновении Болотного говорится так: «Лишку давали, езда была плоха, захотели распрямить. И сделали Болотную: тут устроили новую остановку обозов, и поселилась ямщина». Так, в 1805 году стало строиться вдоль тракта безымянная деревня.

В начале 20-го века территория современного Болотнинского района относилась к Томскому округу Томской губернии. Через него проходил знаменитый Московско-Иркутский тракт, который соединял западные и восточные районы России. В 1909 году была образована Гондатьевская волость с центром в селе Болотное.

После революции волость стали называть Болотнинской. В 1924 году в результате районирования Сибири был образован Болотнинский район. Районный центр – город Болотное, статус города получил в 1943 году.