褐虫藻が宿主細胞内で存在するシンビオソームのpHが低いことに着目し、褐虫藻の分泌糖を解析することにより、褐虫藻が細胞壁を分泌型セルラーゼによって分解し糖を分泌する宿主非依存的な新規経路を発見し、さらにその代謝経路は培地のpHの低下で促進されることを示しました（Ishii et. al. 2023）。

ミドリイシサンゴを用いたRNAseqによる遺伝子発現料解析により、サンゴの発生段階の変化が褐虫藻との共生の開始に関与する可能性を示しました（Ishii et al. 2022）。

イソギンチャクと褐虫藻の共生モデル系を用いたRNAseqによる遺伝子発現量解析により、共生が崩壊する際に刺胞動物と褐虫藻が糖をシグナル分子として相互作用しうることを示しました（Ishii et. al. 2019）。

薬剤スクリーニングにより、遺伝子導入法の開発に応用可能なBreviolum SSB01株由来のURA3遺伝子変異株を樹立しました（Ishii et. al. 2018）。