Charon J, Olendraite I, Forgia M, Chong LC, Hillary LS, Roux S, Kupczok A, Debat H, Sakaguchi S, Tahzima R, Nakagawa S, Babaian A, Abroi A, Bejerman N, Ben Mansour K, Brown K, Butkovic A, Cervera A, Charriat F, Chen G, Chiba Y, De Coninck L, Demina T, Dominguez-Huerta G, Dubrulle J, Gutierrez S, Harvey E, Jayaraj Mallika FR, Karapliafis D, Lim SJ, Kasibhatla SM, Mifsud JCO, Nishimura Y, Ortiz-Baez AS, Raco M, Rivero R, Sadiq S, Saghaei S, San JE, Shaikh HM, Sieradzki ET, Sullivan MB, Sun Y, Wille M, Wolf YI, Zrelovs N and Neri U (2024) Consensus statement from the first RdRp Summit: advancing RNA virus discovery at scale across communities. Front. Virol. 4:1371958. doi: 10.3389/fviro.2024.1371958
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Takahashi, M., Masuda, Y., Chiba, Y., Urayama, S.-I., & Nagasaki, K. (2024). DsRNA sequencing revealed a previously missed terminal sequence of a +ssRNA virus that infects dinoflagellate Heterocapsa circularisquama. Virus Genes, 60(1), 97–99.
Zhao Y-J, Shirouzu T, Chiba Y, Hosaka K, Moriyama H, Urayama SI*, Hagiwara D. Identification of novel RNA mycoviruses from wild mushroom isolates in Japan. Virus Research, 325: 199045 (2023)
Chiba Y, Yabuki A, Takaki Y, Nunoura T, Urayama S*, Hagiwara D*. The first identification of a narnavirus in Bigyra, a marine-protist. Microbes and Environments, 38: ME22077 (2023)
Ikeda A, Chiba Y, Kuroki M, Urayama S*, Hagiwara D*. Efficient elimination of RNA mycoviruses in Aspergillus species using RdRp-inhibitors ribavirin and 2'-C-methylribonucleoside derivatives. Frontiers in Microbiology, 13:1024933 (2022)
Chiba Y, Oiki S, Zhao Y, Nagano Y, Urayama S*, Hagiwara D*. Splitting of RNA-dependent RNA Polymerase is Common in Narnaviridae: Identification of a type II Divided-RdRp from Deep-Sea Fungal Isolates. Virus Evol. 7(2), veab095 (2021)
Mizutani, Y., Chiba, Y., Urayama, S.-I., Tomaru, Y., Hagiwara, D., & Kimura, K. (2022). Detection and Characterization of RNA Viruses in Red Macroalgae (Bangiaceae) and Their Food Product (Nori Sheets). Microbes and Environments / JSME, 37(2). https://doi.org/10.1264/jsme2.ME21084
Fujita, R., Inoue, M. N., Takamatsu, T., Arai, H., Nishino, M., Abe, N., Itokawa, K., Nakai, M., Urayama, S.-I., Chiba, Y., Amoa-Bosompem, M., & Kunimi, Y. Late Male-Killing Viruses in Homona magnanima Identified as Osugoroshi Viruses, Novel Members of Partitiviridae. Front. Microbiol. 11: 620623 (2020)
Chiba Y, Oiki S, Yaguchi T, Urayama S*, Hagiwara D*. Discovery of divided RdRp sequences and a hitherto unknown genomic complexity in fungal viruses. Virus Evol. 7(1):veaa101 (2020) （プレスリリース）
Takahashi-Nakaguchi A* , Shishido E, Yahara M, Urayama S, Ninomiya A, Chiba Y, Sakai K, Hagiwara D, Chibana H, Moriyama H, Gonoi T. Phenotypic and molecular biological analysis of polymycovirus AfuPmV-1M from Aspergillus fumigatus: Reduced fungal virulence in a mouse infection model. Front. Microbiol. 11: 607795 (2020)
Urayama S*, Doi N, Kondo F, Chiba Y, Takaki Y, Hirai M, Minegishi Y, Hagiwara D, Nunoura T. Diverged and active partitiviruses in lichen. Front. Microbiol. 11: 561344 (2020)
Chiba Y, Tomaru Y, Shimabukuro H, Kimura K, Hirai M, Takaki Y, Hagiwara D, Nunoura T, Urayama S*. Viral RNA genomes identified from marine macroalgae and a diatom. Microbes and Environments, 35(3): ME10016 (2020)
Review Papers
Urayama S*, Takaki Y, Chiba Y, Zhao Y, Kuroki M, Hagiwara D, Nunoura T. Eukaryotic Microbial RNA Viruses?Acute or Persistent? Insights into Their Function in the Aquatic Ecosystem. Microbes and Environments, 37: ME22034 (2022) doi: 10.1264/jsme2.ME22034
浦山俊一、千葉悠斗、高木善弘、萩原大祐、布浦拓郎、「再構築された”ウイルス生態像”」バイオテクノロジー学会、19, 5-12 (2019)
International conference (Only first-authored presentations are listed)
Oral presentation
Yuto Chiba, Yosuke Nishimura. "How to report the divided RdRps." RdRp summit 2023. València, Spain. 22 - 23 May, 2023.
Yuto Chiba, Takashi Yaguchi, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara. “RNA virus diversity in Aspergillus species revealed by FLDS, a comprehensive non-retro RNA virus surveillance method.” Asian Mycological Congress 2019. Mie Center for the Arts, Tsu, Japan. October, 2019.
Poster presentation
Yuto Chiba, Takashi Yaguchi, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara. “RNA virus diversity in Aspergillus fumigatus and its related species revealed by deep-sequencing method”. The 8th Global Network Forum on Infection and Immunity. Chiba University Hospital, Chiba, Japan. January, 2019. Best poster awards
Yuto Chiba, Takashi Yaguchi, Syun-ichi Urayama, Daisuke Hagiwara. “Identification of RNA virus from Aspergillus section Fumigati isolates”. Workshop on Environmental Viruses, Kyoto 2018. Kyoto University, Kyoto, Japan. October, 2018.
Domestic conference / 国内学会 (Only first-authored presentations are listed)
千葉悠斗・西村陽介、「特異な進化をとげた「分割型」RNAウイルス複製酵素RdRpー環境中での分布と多様性の検証」、日本微生物生態学会第36 回大会、アクトシティ浜松、浜松市、静岡県、2023年11月27日〜11月30日（ポスター）
千葉悠斗・浦山俊一・萩原大祐、「室内実験による糸状菌集団中の持続型ウイルス動態の解析」、日本微生物生態学会第35 回大会、札幌コンベンションセンター、札幌市、北海道、2022年10月30日〜11月3日（ポスター）
千葉悠斗・高橋弘喜・楠屋陽子・渡辺哲・浦山俊一・萩原大祐、「Aspergillus fumigatusと感染ウイルスのdual-genomicsによる進化的な関係性の解析」、第20回糸状菌分子生物学コンファレンス、オンライン、2021年11月11日〜11月12日（口頭・ポスター査読あり）
千葉悠斗・浦山俊一・萩原大祐、「室内実験による糸状菌集団中の持続型ウイルス動態の解析」、日本微生物生態学会第34 回大会、オンライン、2021年10月30日〜11月2日 (口頭)
千葉悠斗・老木紗代子・矢口貴志・浦山俊一・萩原大祐、「菌類 RNA ウイルスの持つゲノム構造多様性の探索」、ウイルス学若手研究集会2020、オンライン、2020年12月18日-19日 (口頭査読あり)
千葉悠斗・浦山俊一・矢口貴志・萩原大祐、「FLDS法によるヒト病原糸状菌に潜伏するRNAウイルスの網羅的探索」、第19回糸状菌分子生物学コンファレンスin札幌、北海道大学 クラーク会館（北海道）、2019年11月6日〜11月7日（ポスター）
千葉悠斗・浦山俊一・矢口貴志・萩原大祐、「Aspergillus fumigatusとその関連種に潜伏するRNAウイルスの網羅的な探索」、第40回関東医真菌懇話会、京王プラザホテル（東京）、2019年6月1日（ポスター）優秀演題賞
千葉悠斗・浦山俊一・矢口貴志・萩原大祐、「Aspergillus fumigatusとその近縁種に潜伏するRNAウイルスの網羅的な探索」、第13回日本ゲノム微生物学会年会、首都大学東京（東京）、2019年3月6日〜3月8日（口頭・ポスター）
千葉 悠斗・外丸 裕司・木村 圭 ・島袋 寛盛 ・高木 善弘 ・平井 美穂 ・浦山 俊一 ・布浦 拓郎、「大型藻類を対象とした RNA ウイルスの網羅的探索」、日本藻類学会第42 回大会、東北大学（仙台）、2018年3月（ポスター）
千葉 悠斗・外丸 裕司・木村 圭 ・島袋 寛盛 ・高木 善弘 ・平井 美穂 ・浦山 俊一 ・布浦 拓郎、「大型藻類を対象とした RNA ウイルスの網羅的探索」、第13回日本ゲノム微生物学会年会、京都大学（京都）、2019年3月（口頭・ポスター）
Invited talk
「生態系の一員としてのウイルスー自然環境中の生物に潜むウイルスの研究からその生きざまを探る」、明治大学科学技術研究所 公開講演会「パラサイト 生態系の舞台裏」 、2023年12月23日
Awards
2022年度 筑波大学大学院 理工情報生命学術院 生命地球科学研究群長表彰
2019年度 筑波大学生物資源科学専攻 修士論文優秀賞
Others
日本微生物生態学会 環境ウイルス部会 若手運営委員（2020年-現在）
糸状菌分子生物学研究会若手の会 第二回特別企画「マイコウイルスこばなし」の執筆（リンク）
日揮・実吉奨学会 給与奨学金（2020/04～2021/03）大変助かりました。ありがとうございました。