Fijiをインストール（http://fiji.sc/）
Fijiプラグインをここ（https://github.com/jefferis/fiji-cmtk-gui/zipball/master）からDL
zipファイルを開く
開いて出来たフォルダに「CMTK_Registration」という名前をつける
Fijiのpluginsフォルダ（/plugins）にCMTK_Registrationを入れる（Macの場合、Fijiアイコンを右クリックして、パッケージの中身を表示した後に/pluginsを開いて入れる）
Fijiを再起動
Plugins > CMTK Registration > Install CMTK
完了！
リファレンス画像ファイルを作る（未完。本当はいくつかの脳を平均すべき）
リファレンスとなる共焦点顕微鏡の画像ファイル（.lsm）をFijiで開く
Image>Color>Split Channelsでチャネルごとにファイルをわける
カウンターステイン（nc82）のチャネルをSave as>Nrrd形式で保存
処理画像ファイルを作る
共焦点顕微鏡の画像ファイル（.lsm）をFijiで開く
Image>Color>Split Channelsでチャネルごとにファイルをわける
Save as>Nrrdでチャネルごとに画像を保存。このときカウンターステイン（nc82）の画像の末尾には01を、標的シグナル（GFPやRFPなど）の画像には02, 03...をつけ、それ以外は同じ名前で保存する（例：nc82は20130226images_01、GFPは20130226images_02）。
フォルダに整理する
任意の名前をつけたフォルダを作る（例：yourregistrationfolder）
yourregistrationfolderの中にimagesというフォルダを作り、2で作った画像ファイル（.nrrd）を入れる
yourregistrationfolderの中にrefbrainというフォルダを作り、1で作った画像ファイル（.nrrd）を入れる。
Fijiを起動
Plugins>CMTK Registration>CMTK Registration GUI
Registration FolderのBrowse処理フォルダ（例：~/yourregistrationfolder）を指定
Reference BrainのBrowseを押してリファレンス画像（例：~/yourregistrationfolder/refbrain/refbrain.nrrd）指定
Input Image or Image DirectoryのBrowseを押して処理画像の入ったフォルダ（例：~/yourregistrationfolder/images）を指定
Registration ParamsをCachero, Ostrovsky 2010にする（処理のパラメーターを最適化したものらしい…詳細不明）
ActionをWrite Scriptにする
いくつのコアを使うのかを選ぶ（デフォルトでは半分に設定されている…詳細不明）
OKを押す
処理フォルダ（例：yourregistrationfolder）内にできたcommandsというフォルダの中にコマンドファイル（.command）ができている
コマンドファイルをダブルクリックするとTerminalで走りだす
処理には数時間かかるので終わるまで待つ
処理フォルダ内のreformattedというフォルダ内にNrrdファイルができている。refbrain-20130226images_01...nrrdというファイルは処理後のカウンターステイン画像でrefbrain-20130226images_02...nrrdというファイルは処理後の標的画像。
処理後の標的画像（例：refbrain-20130226images_02...nrrd）をFijiで開く
リファレンス画像（例：refbrain.nrrd）もFijiで開く
Image>Color>Marge Channelsで任意のチャネルに画像ファイルを指定する（多くの場合C6:magentaにカウンターステイン画像を、C2:greenに標的画像）
Compositeというファイルができるので任意の名前をつけて保存（.tiff）
コントラストの調整などはImage>Adjust>Brightness/Contrastでできる
StackはImage>Stacks>Z ProjectでProjection typeをMax Intensityにする
さらにImage>Color>Stack to RGBで一枚の画像として保存できる。