CMTK image registration tools

2021.08.17 update

Install

（参照：https://github.com/jefferis/fiji-cmtk-gui）

  1. Fijiをインストール（http://fiji.sc/）

  2. Fijiプラグインをここ（https://github.com/jefferis/fiji-cmtk-gui/zipball/master）からDL

  3. zipファイルを開く

  4. 開いて出来たフォルダに「CMTK_Registration」という名前をつける

  5. Fijiのpluginsフォルダ（/plugins）にCMTK_Registrationを入れる（Macの場合、Fijiアイコンを右クリックして、パッケージの中身を表示した後に/pluginsを開いて入れる）

  6. Fijiを再起動

  7. Plugins > CMTK Registration > Install CMTK

  8. 完了！


Preparation of data

（参照：http://flybrain.mrc-lmb.cam.ac.uk/dokuwiki/doku.php?id=warping_manual:registration_gui）

  1. リファレンス画像ファイルを作る（未完。本当はいくつかの脳を平均すべき）

    1. リファレンスとなる共焦点顕微鏡の画像ファイル（.lsm）をFijiで開く

    2. Image>Color>Split Channelsでチャネルごとにファイルをわける

    3. カウンターステイン（nc82）のチャネルをSave as>Nrrd形式で保存

  2. 処理画像ファイルを作る

    1. 共焦点顕微鏡の画像ファイル（.lsm）をFijiで開く

    2. Image>Color>Split Channelsでチャネルごとにファイルをわける

    3. Save as>Nrrdでチャネルごとに画像を保存。このときカウンターステイン（nc82）の画像の末尾には01を、標的シグナル（GFPやRFPなど）の画像には02, 03...をつけ、それ以外は同じ名前で保存する（例：nc82は20130226images_01、GFPは20130226images_02）。

  3. フォルダに整理する

    1. 任意の名前をつけたフォルダを作る（例：yourregistrationfolder）

    2. yourregistrationfolderの中にimagesというフォルダを作り、2で作った画像ファイル（.nrrd）を入れる

  4. yourregistrationfolderの中にrefbrainというフォルダを作り、1で作った画像ファイル（.nrrd）を入れる。


Run in Fiji

（参照：http://flybrain.mrc-lmb.cam.ac.uk/dokuwiki/doku.php?id=warping_manual:registration_gui）

  1. Fijiを起動

  2. Plugins>CMTK Registration>CMTK Registration GUI

  3. Registration FolderのBrowse処理フォルダ（例：~/yourregistrationfolder）を指定

  4. Reference BrainのBrowseを押してリファレンス画像（例：~/yourregistrationfolder/refbrain/refbrain.nrrd）指定

  5. Input Image or Image DirectoryのBrowseを押して処理画像の入ったフォルダ（例：~/yourregistrationfolder/images）を指定

  6. Registration ParamsをCachero, Ostrovsky 2010にする（処理のパラメーターを最適化したものらしい…詳細不明）

  7. ActionをWrite Scriptにする

  8. いくつのコアを使うのかを選ぶ（デフォルトでは半分に設定されている…詳細不明）

  9. OKを押す

  10. 処理フォルダ（例：yourregistrationfolder）内にできたcommandsというフォルダの中にコマンドファイル（.command）ができている

  11. コマンドファイルをダブルクリックするとTerminalで走りだす

  12. 処理には数時間かかるので終わるまで待つ


See results in Fiji

  1. 処理フォルダ内のreformattedというフォルダ内にNrrdファイルができている。refbrain-20130226images_01...nrrdというファイルは処理後のカウンターステイン画像でrefbrain-20130226images_02...nrrdというファイルは処理後の標的画像。

  2. 処理後の標的画像（例：refbrain-20130226images_02...nrrd）をFijiで開く

  3. リファレンス画像（例：refbrain.nrrd）もFijiで開く

  4. Image>Color>Marge Channelsで任意のチャネルに画像ファイルを指定する（多くの場合C6:magentaにカウンターステイン画像を、C2:greenに標的画像）

  5. Compositeというファイルができるので任意の名前をつけて保存（.tiff）

  6. コントラストの調整などはImage>Adjust>Brightness/Contrastでできる

  7. StackはImage>Stacks>Z ProjectでProjection typeをMax Intensityにする

  8. さらにImage>Color>Stack to RGBで一枚の画像として保存できる。