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Hayashida K.*, Hara Y.*, Abe T.*, (26 authors), and Sugimoto C. "Comparative Genome Analysis of Three Eukaryotic Parasites with Differing Abilities To Transform Leukocytes Reveals Key Mediators of Theileria-Induced Leukocyte Transformation." mBio 3:e00204-12, 2012. *These authors contributed equally to this work. [Web]
Hara Y. and Imanishi T. "Abundance of ultramicro inversions within local alignments between human and chimpanzee genomes." BMC Evolutionary Biology, 11:308, 2011. [Web]
Iwabe N., Hara Y., Kumazawa Y., Shibamoto K., Saitoh Y., Miyata T., and Katoh K. "Sister group relationship of turtles to the bird-crocodilian clade revealed by nuclear DNA-coded proteins." Molecular Biology and Evolution, 22:810-813, 2005. [Web]
Tsuyama J., Sakai S., Kurabayashi K., Koyama R., Hara Y., Kawakami I., Kawaji H., ShichitaT. "Sustaining microglial reparative function enhances stroke recovery." bioRxiv. doi:10.1101/2024.04.10.588813. 2024
Hara Y.*, Kumamoto T.*, Yushizawa-Sugata N., Hirai K., Xianghe S., Kawaji H., Ohtaka-Maruyama C., "Spatial transcriptome of developmental mouse brain reveals temporal dynamics of gene expressions and heterogeneity of the claustrum." bioRxiv. doi:10.1101/2023.04.12.536360. 2023. *Equally contributed.
原 雄一郎. ヒトゲノム事典 「逆位」「遺伝子変換」 (編: 井ノ上逸郎、今西規、河村正二、斎藤成也、颯田葉子、田嶋敦). 2021. 一色出版.
Nishimura O., Hara Y., and Kuraku S. "Evaluating genome assemblies and gene models using gVolante." In Gene prediction. Methods in Molecular Biology, 1962:247-256, 2019, Humana Press, Totowa, NJ.
Hara Y. "Disparity of genomic fields may affect the fate of genes." The 67th NIBB Conference/The 6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japan, August, 2019.
Hara Y. "The Madagascar Ground Gecko Genome Provides the Molecular Basis for Comparative Embryology and Insights into Asymmetric Fates of Duplicated Genes." International Symposium at Hiroshima University: Amphibian development, regeneration, evolution and beyond, Higashi Hiroshima, Japan, March, 2018 (Invited).
Hara Y. “Search for germline mutations from next-generation sequencing analysis.“ International Symposium on Germline Mutagenesis and Biodiversification, Fukuoka, Japan, March, 2014 (Invited).
Hara Y. and Imanishi T. “Identification and characterization of ultramicro inversions within local alignments between closely related species.” Cold Spring Harbor Laboratory conference on Genome Informatics, Cold Spring Harbor, NY, US, 2013.
Hara Y., Koyanagi O. K., and Watanabe H. "Frequency of gene conversions between human paralogues." Evolution, Christchurch, New Zealand, 2007.
Hara Y., Koyanagi O. K., and Watanabe H. "Identification of gene conversion events in the human genome." Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2006, Tempe, AZ, US, 2006.
Hara Y. and Kuraku., "Gene fate spectrum as a reflection of local genomic properties." SMBE2023, Ferrara, Italy, 2023.
Hara Y., Shibahara R. Kondo K., Abe W., Kunieda T. ”Parallel evolution of trehalose biosynthesis machinery in metazoans.” The 2nd AsiaEvo Conference, Online, 2021.
Hara Y., Takeuchi M., Kageyama Y., Tatsumi K., Hibi M., Kiyonari H., Kuraku S. "Are variable constraints on gene function the only cause of asymmetric fates of paralogs?" Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2018, Yokohama, Japan, 2018.
Hara Y., Tatsumi K., Kiyonari H., and Kuraku S. "Madagascar ground gecko, yet another experimental system for amniotes." The CDB 29th meeting "Mavericks, New Models in Developmental Biology," Kobe, Japan, 2017.
Hara Y. and Kuraku S. "Reconstruction of amniote phylome: a lesson of utilization and modification of the existing ortholog dataset" Quest for Orthologs 5, Los Angeles, USA, 2017.
Hara Y. and Kuraku S. "Heterogeneous ortholog retention is driven by disparity between genomic fields." CDB Symposium 2017, Kobe, Japan, 2017.
Hara Y., Nishimura O., and Kuraku S. "Quest for ‘good’ genome assemblies: an assessment incorporating molecular phylogenetics." The joint meeting of the 22nd International Congress of Zoology and the 87th Meeting of the Zoological Society of Japan, Ginowan, Japan, 2016
Hara Y. and Kuraku S. "Core Vertebrate Genes (CVG): phylogeny-aware completeness assessment of genome and transcriptome assemblies." NGS 2016, Barcelona, Spain, 2016.
Hara Y. and Kuraku S. "CVG: core vertebrate genes for genome and transcriptome assembly completeness assessment." Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2015, Vienna, Austria, 2015.
Hara Y. Tatsumi K., Kuraku S., and Kiyonari H. “Madagascar ground gecko, a newly established animal for elucidation of morphological diversification in amniotes.” CDB Symposium 2015, Kobe, Japan, 2015.
Hara Y. and Imanishi T. "Abundance of ultramicro inversions within local alignments between closely related species." Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution, Dublin, Ireland, 2012.
Hara Y. and Imanishi T. "Inference of the Human-chimpanzee Speciation Time Assuming the Non-uniform Molecular Evolutionary Clocks" Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2011, Kyoto, Japan, 2011.
Hara Y., Sakate R., Gojobori T., and Imanishi T. "Evolutionary Analysis of Nucleotide Sequences Using G-compass, a Web-based comparative Genome Browser between Human and Vertebrates." Biocuration, Tokyo, Japan, 2010.
Hara Y., Sakate R., Matsuya A., Murakami K., Gojobori T., and Imanishi T. "G-compass: a web-based comparative genome browser between human and vertebrates." OIST Summer School and Workshop "Quantitative Evolutionary and Comparative Genomics, 2010," Onna, Japan, 2010.
Hara Y., Koyanagi O. K., and Watanabe H. “Significant contribution of gene conversion to the evolution of locally duplicated genes.” Annual meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2005, Auckland, New Zealand, 2005.
原 雄一郎 "超並列レポーターアッセイを用いた遺伝子と転写制御領域の共役的進化の解明" 第47回日本分子生物学会年会. 2024.
原 雄一郎 "脊椎動物の染色体分類を再考する" 第9回ユニーク会. 2024.
原 雄一郎 "塩基配列の特徴に基づく脊椎動物染色体の分類の刷新" 日本遺伝学会第96回大会. 2024.
原 雄一郎 "祖先転写制御の実験的復元に基づく遺伝子が生まれる・消える過程の解明" 第26回日本進化学会大会. 2024.
原 雄一郎 "祖先転写制御領域の活性を測定し遺伝子レパートリーの進化過程を復元する" 国⽴遺伝学研究所研究会「生命科学を支える分子系統学 2024」2024. invited.
原 雄一郎 "遺伝子進化に影響を及ぼすゲノム領域の特徴" 国⽴遺伝学研究所研究会「染⾊体安定維持研究会」2024. invited.
原 雄一郎 "遺伝子レパートリーの比較解析から生物の進化を探る" 「集え、多分野研究者！」感染症キャンプin宮崎. 2024. invited
原 雄一郎 "Single cell analysis of non-model organisms and cross-species comparison." 第46回日本分子生物学会年会 2023. invited.
原 雄一郎、齊藤紗希、和田涼子、川路英哉 "FLAT-seq: Full-Length cDNA sequencing with Adaptive sampling of TSS." 第45回日本分子生物学会年会 2022
原 雄一郎 「不均一なゲノムの場での突然変異と遺伝子進化のモード」 日本進化学会年大会 第24回沼津大会一般シンポジウム 2022. invited.
原 雄一郎 「遺伝子の運命を左右するゲノムの場」 国立遺伝学研究所 研究会 「生命科学を支える分子系統学」 2022. invited.
原 雄一郎、工樂樹洋 「種間比較から明らかにされる遺伝子欠失を受容するゲノム領域」 第44回日本分子生物学会年会 2021
原 雄一郎、遠山 美穂、堀場 千尋、嶋田 繭子、荻 朋男「エクソームデータを用いた単一エクソンからのコピー数多型検出ならびに希少疾患の病的変異の探索」日本人類遺伝学会第65回大会 2020.
原 雄一郎 (他14名)「ChIP-seqを利用したDNA損傷およびヌクレオチド除去修復の観測方法の開発」 日本遺伝学会第95回大会 2020 (現地開催中止).
原 雄一郎、工樂 樹洋 「ゲノムの場の不均一性仮説」 日本進化学会第22回大会 2020. Invited.
原 雄一郎 「『見つからない』オーソログはいつ失われたか?―進化の途中か、解析の途中か 」 日本進化学会第20回大会 2018. Invited.
原 雄一郎、竹内 未紀、景山 優花、辰見 香織、日比 正彦、清成 寛、工樂 樹洋 「ソメワケササクレヤモリ: 進化学に照らした動物実験と比較ゲノム解析の提案」 2017年度生命科学系学会合同年次大会 (ConBio2017) 2017.
原 雄一郎、竹内 未紀、景山 優花、辰見 香織、日比 正彦、清成 寛、工樂 樹洋 「ソメワケササクレヤモリゲノムから探るゲノム領域に依存する不均等な遺伝子進化」 日本進化学会第19回大会 2017.
原 雄一郎「ゲノム・トランスクリプトームアセンブリの完全度を測るには？-”one-to-one"オーソログに基づく評価」 国立遺伝学研究所 研究集会「ビッグデータ時代の分子進化」 2015. Invited.
原 雄一郎、辰見 香織、工樂 樹洋 「進化発生学における非モデル生物トランスクリプトームの活用: 超並列DNAシーケンサ運用の現場から」 日本進化学会第16回大会 2014. Invited.
原 雄一郎 「寄生性原虫の比較ゲノム解析」 生命情報科学若手の会 第4回研究会 2013.
原 雄一郎、今西 規 「近縁種間の全ゲノム比較による超微小逆位の同定とその生成機構」 第35回日本分子生物学会年会 2012.
原 雄一郎、今西 規 「近縁種間の全ゲノムアラインメント内に同定された多数の微小な逆位」 日本進化学会第14回大会 2012. Invited.
原 雄一郎、今西 規 "Inferring human evolutionary history from whole genome alignments among human and great apes." 第34回日本分子生物学会年会 2011. Invited
原 雄一郎 「ヒトとチンパンジーの全ゲノムアラインメント内に同定された多数の微小な逆位」 生命情報科学若手の会 第3回研究会 2011.
原 雄一郎、今西 規 「ヒトとチンパンジーの全ゲノム比較解析により同定された多数の微小な逆位」 日本遺伝学会第83回大会 2011.
原 雄一郎、小柳 香奈子、渡邉 日出海 「重複遺伝子間の遺伝子変換の同定および機能進化への影響の解明」 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会 2008.
原 雄一郎、小柳 香奈子、渡邉 日出海 「重複遺伝子の部分領域間に起きた遺伝子変換を反映する分子系統関係の推定」 第９回日本進化学会大会 2007.
原 雄一郎、隈 啓一、疋田 努、岩部 直之、宮田 隆 ｢爬虫類におけるⅠ型インターフェロン遺伝子の多様化｣ 日本遺伝学会第75回大会 2003.
原 雄一郎 「祖先転写制御の実験的復元に基づく遺伝子の創成・消失過程の解明」 先進ゲノム支援 2024年度拡大班会議 (2024)
原 雄一郎 「祖先転写制御の実験的復元に基づく遺伝子の創成・消失過程の解明」 先進ゲノム支援 2023年度拡大班会議 (2023)
原 雄一郎、吉沢 直子、豊田 敦、川路 英哉 「祖先転写制御の実験的復元から遺伝子が生まれる・消える過程を探る」第46回日本分子生物学会年会 2023
原 雄一郎 「祖先転写制御の実験的復元に基づく遺伝子の創成・消失過程の解明」 先進ゲノム支援 2022年度拡大班会議 (2023)
原 雄一郎、工樂樹洋 「種間比較から明らかにされる遺伝子欠失を受容するゲノム領域」 第44回日本分子生物学会年会 (2021)
原 雄一郎、中沢 由華、(20 authors)、荻 朋男 「ChIP-seqを利用したDNA損傷およびヌクレオチド除去修復のモニタリング」 第42回日本分子生物学会年会 (2019)
原 雄一郎 ”Cell population genomics in germ line” 2018年度基礎科学・国際特別研究員研究成果発表会 (2019)
原 雄一郎 ”Technical basis of single-cell profiling of genetic variation within individuals” 平成30年度 理研大交流会 (2018)
原 雄一郎 “Bioinformatics and Phyloinformatics Solutions for Medical Genomics.” 第3回 名大医薬系3部局合同シンポジウム (2018)
原 雄一郎、種子島 千春、作見 邦彦、Nona Abolhassani、中別府 雄作、今西 規 「生殖系列ゲノムに生じた超微小逆位をとらえる」日本進化学会第18回大会 (2016)
原 雄一郎、工樂 樹洋 「分子系統学的観点に基づくゲノム・トランスクリプトーム アセンブリの網羅性の評価 」 第38回日本分子生物学会年会 (2015)
原 雄一郎、辰見 香織、工樂 樹洋 「進化発生学における非モデル生物トランスクリプトームの活用: 超並列DNAシーケンサ運用の現場から」 日本進化学会第16回大会(2014)
原 雄一郎、野呂 美幸 、工樂 樹洋 “Establishing a basis for molecular studies of Madagascar ground gecko – a model case of how modern sequencing can help next-generation developmental biology” 日本発生生物学会 第47回大会 (2014)
原 雄一郎、杉本 千尋、横山 直明、鈴木 穣、渡邉 日出海、五十嵐 郁男 「Phylogenomicsからアピコンプレクス原虫-宿主の進化史を解き明かす」 第36回日本分子生物学会年会 (2013)
原 雄一郎、辰見 香織、糸見 佳津、林 哲太郎、宇野 健一郎、工樂 樹洋 「非モデル生物のトランスクリプトーム解析に特化したシーケンス方法の最適化」 NGS現場の会・第三回研究会 (2013)
原 雄一郎、今西 規 「近縁種間の全ゲノム比較による超微小逆位の同定とその生成機構」 第35回日本分子生物学会年会 (2012)
原 雄一郎「ヒトゲノム配列中に同定された多数の超微小逆位」 NGS現場の会・第二回研究会(2012)
原 雄一郎、今西 規 「ヒトおよび類人猿ゲノム配列の全アラインメントを用いたヒト-チンパンジー間の種分化過程の推定」 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会(2010)
原 雄一郎、坂手 龍一、今西規 "Identification of genomic regions with high levels of ancestral polymorphisms in the common ancestor of human and apes" 第32回日本分子生物学会年会 (2009)
原 雄一郎、杉本 千尋、五十嵐 郁夫、横山 直明、渡辺 純一、渡邉 日出海 「Phylogenomics的アプローチに基づく寄生性原虫の分岐年代推定」 第11回日本進化学会大会 (2009)
原 雄一郎、小柳 香奈子、渡邉 日出海 「重複遺伝子間の遺伝子変換の同定および機能進化への影響の解明」 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会(2008)
原 雄一郎、小柳 香奈子、渡邉 日出海 「哺乳類ゲノム中の遺伝子クラスタの進化における遺伝子変換の役割」 第7回日本進化学会 (2005)
原 雄一郎、小柳 香奈子、渡邉 日出海 「相同遺伝子群の進化に対する局所的遺伝子重複の寄与に関する比較ゲノム解析」 第27回日本分子生物学会年会 (2004)
原 雄一郎, 清成 寛, 工樂 樹洋 「オミクス解析にも応える実験動物ソメワケササクレヤモリ—ニワトリに代わる哺乳類の比較対象として (私の実験動物、やっぱり個性派です 連載第5回)」 実験医学 羊土社 36(9):1540-1544, 2018
原 雄一郎 「どのアセンブリを使うか?: 分子系統学的観点に基づくアセンブリの評価」日本進化学会ニュース 17(1): 23-29, 2016. [Web]
原 雄一郎「脊椎動物ゲノム・トランスクリプトームアセンブリ完全度を評価する」バイオサイエンスとインダストリー 毎日学術フォーラム 74(3): 228-230, 2016.
原 雄一郎 「大規模オミクス解析が照らす遺伝子レパートリの進化」 第51回 北里大学 若手Lab. 2023
原 雄一郎 「遺伝子の運命はゲノム領域の不均一性に影響される」 東北大学 大学院 生命科学研究科 進化ゲノミクス分野, 2023
原 雄一郎 「生命現象を俯瞰するツールとしてのオーソログ」 甲南生物学セミナー, 甲南大学, 2023.
原 雄一郎 「進化の中でゲノムに何が起きているか」第21回静岡ライフサイエンスシンポジウム, 2021
原 雄一郎「動物ゲノム解読とその情報の利用〜シーケンシングファシリティの現場から」名古屋大学大学院農学研究科, 2019.
原 雄一郎「動物のゲノム解読から遺伝子進化の駆動力を再考する」アドバンス生命理学特論, 名古屋大学大学院理学研究科, 2018.
原 雄一郎「動物ゲノムの解読から遺伝子レパートリーの進化を探る」 甲南生物学セミナー, 甲南大学, 2018.
原 雄一郎「全ての分類群で対等な比較ゲノム解析を 〜シーケンシングファシリティが提供する脊椎動物ゲノム配列リソース」第9回 ゲノミクス解析支援チーム 公開セミナー, 琉球大学 研究推進機構, 2018.
原 雄一郎 「分子系統学的思考から「良い」ゲノムアセンブリを探求する」国立研究開発法人水産研究・教育機構 中央水産研究所, 2017.
原 雄一郎 「次世代シーケンシングを用いた遺伝子発現解析のためのガイド」 統合データベース講習会：AJACS尾張 (バイオサイエンスデータセンター主催) (2017)
Hara Y. "Deep sequencing facilitates on-demand omics for developmental and evolutionary biology." The 254th CDB Luncheon Forum. 2015.
Hara Y. “Guide to experimental plan and data analysis of RNA-seq.” 3rd Sequence Informatics Afternoon (Internal tutorial in Kobe RIKEN). (2015)
原 雄一郎 「次世代シーケンサー（NGS）データから遺伝子発現を見るためのホップ＆ステップ」 統合データベース講習会：AJACS伊予 (バイオサイエンスデータセンター主催) (2015)
Hara Y. “Reptiliomix: gecko sequence resource produced by GRAS.” 1st Sequence Informatics Afternoon (Internal tutorial in CDB) (2014).
原 雄一郎 「ウェブで実践する配列比較解析〜相同性検索から分子系解析まで」 統合データベース講習会：AJACS蝦夷３ (バイオサイエンスデータセンター主催) (2013)
原 雄一郎 「ヒトおよび類人猿ゲノムの網羅的アラインメントを用いたヒト-チンパンジー間の種分化過程の推定」第10回分子進化研究会 国立遺伝学研究所 2011.
原 雄一郎 「比較ゲノムデータベースEvola、G-compassの活用」平成24年度第4回データベース講習会「創薬研究における統合データベースの活用」(MEDALS/H-InvDB講習会) 産業技術総合研究所 臨海副都心センター 2013.
原 雄一郎 「比較ゲノムデータベースEvola、G-compassの活用」平成23年度第2回データベース講習会「創薬研究における統合データベースの活用」(MEDALS/H-InvDB講習会) 産業技術総合研究所 関西センター 2012.
原 雄一郎 「比較ゲノムデータベースEvola、G-compassの活用」平成22年度第1回データベース講習会「創薬研究における統合データベースの活用」(MEDALS/H-InvDB講習会) 産業技術総合研究所 臨海副都心センター 2010.
原 雄一郎 「比較ゲノム解析から明らかにする重複遺伝子の進化」産業技術総合研究所 臨海副都心センター 2009.