Asal-usul Desa Aritonang sangat erat kaitannya dengan sejarah marga Batak, Desa Aritonang berasal dari salah satu keturunan utama dalam silsilah Batak Toba, yaitu Raja Aritonang. Dalam tradisi Batak, setiap marga memiliki leluhur yang dihormati, dan dari sanalah lahir sistem kekerabatan yang menjadi pondasi dalam kehidupan sosial masyarakat Batak hingga hari ini. Menurut berbagai sumber dan kisah turun-temurun, Raja Aritonang adalah sosok yang bijaksana dan memiliki pengaruh besar dalam penyebaran nilai-nilai adat dan sistem kehidupan Batak Toba. Nama "Aritonang" sendiri dipercaya berasal dari kata dalam bahasa Batak yang berarti "yang berpikir panjang atau berhati-hati", mencerminkan karakter leluhur yang arif dan penuh pertimbangan.
Marga Aritonang merupakan salah satu marga Batak yang memiliki konsentrasi pemukiman di daerah Muara, yang terletak di pesisir timur Danau Toba. Selain itu, keturunan Aritonang juga banyak ditemukan di wilayah Pulau Sibandang, Barus, dan Humbang Hasundutan, Sumatera Utara. Meskipun demikian, seiring waktu, banyak dari mereka yang merantau ke berbagai daerah dan berkembang sejak berabad-abad yang lalu. Beberapa desa seperti Silando, Hutaginjang, dan Tapian Nauli juga memiliki populasi besar dari marga Aritonang. Meskipun secara geografis desa-desa ini tidak berada langsung di Muara, namun secara historis marga Aritonang telah berperan dalam menyatukan desa-desa tersebut sehingga kini masuk dalam wilayah administratif Kecamatan Muara. Hal ini menunjukkan pengaruh kuat marga Aritonang dalam membentuk komunitas dan struktur sosial di daerah sekitarnya.
Di daerah Muara, keturunan Aritonang umumnya menggunakan nama marga sesuai alur percabangan dari ketiga anak laki-laki leluhur mereka. Namun, bagi mereka yang telah merantau jauh sejak berabad lalu, nama Aritonang sering digunakan secara umum sebagai identitas utama. Selain itu, dalam sejarahnya, terjadi perpecahan dalam keluarga besar keturunan Rajagukguk, yang menyebabkan terbentuknya marga baru, yaitu Haro (Rajagukguk). Meskipun jumlahnya tidak sebanyak marga lainnya, keberadaan marga Haro kini diakui sebagai bagian dari kelompok marga Batak yang lebih luas.
Setelah generasi Raja Aritonang berkembang, keturunannya mulai menyebar ke berbagai wilayah di Tapanuli dan sekitarnya. Namun sebagian besar tetap menjaga kampung asal (bona pasogit) di wilayah perbukitan yang kini dikenal sebagai Desa Aritonang, Kecamatan Muara, Kabupaten Tapanuli Utara.
Wilayah ini dipilih karena posisinya yang strategis:
Berada di dataran tinggi yang sejuk,
Memiliki pandangan langsung ke arah Danau Toba, dan
Subur untuk bertani dan beternak.
Sejak dahulu, kampung ini dijadikan sebagai pusat berkumpulnya keturunan Aritonang dari berbagai penjuru, terutama pada acara adat dan pertemuan besar marga (pesta bolon). Nilai kekeluargaan, gotong royong, dan semangat menjaga warisan leluhur tumbuh kuat di sini.