โรงเรียนวัดบ้านไพบูลย์สร้างเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2498 โดยมีนายกังวาล วิริยะโกศล ศึกษาธิการอำเภอประโคนชัย (ตำแหน่งขณะนั้น) ร่วมกับผู้ปกครองนักเรียนและประชาชนในหมู่บ้าน ช่วยกันเสียสละวัสดุในการก่อสร้าง สมทบกับงบประมาณของทางราชการ สร้างเป็นอาคารเรียนแบบ ป.1ซ จำนวน 4 ห้องเรียน ในที่ดินเดิมเป็นที่สาธารณะประโยชน์ ที่ราษฎรได้ร่วมกันจับจองและสงวนไว้ จำนวนเนื้อที่ 21 ไร่
ต่อมา พ.ศ. 2516 นายเยาว์ ทองด้วง ได้บริจาคที่ดินทางทิศเหนือ ให้เป็นสมบัติของโรงเรียน จำนวน 6 ไร่ และทางโรงเรียนได้นำขึ้นเป็นที่ราชพัสดุ ตามหลักฐาน น.ส.3
ในระยะแรกโรงเรียนวัดบ้านไพบูลย์เปิดเป็นสาขาของโรงเรียนวัดบ้านไทร เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 โดยมีนายชาญ ชำนิจ วุฒิ ครู ป. ครูโรงเรียนวัดบ้านไทรทำการสอน โดยมีนายชิน เพ็งประโคน เป็นครูใหญ่
วันที่ 1 พฤษภาคม 2499 ทางราชการได้อนุมัติตั้งเป็นโรงเรียนเอกเทศ และแต่งตั้งนายชาญ ชำนิจ ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ จนถึงวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ.2507 นายชาญ ชำนิจ ถึงแก่กรรม
วันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2507 ทางราชการได้ย้ายและแต่งตั้ง นายพาส ปานะโปย ครูโรงเรียนบ้านเขว้า อำเภอประโคนชัย มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน
วันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2511 ทางราชการได้ย้าย และแต่งตั้งนายศิริ วิริยอุดมศิริ ครูโรงเรียนบ้านแสลงโทน อำเภอประโคนชัย มาดำรงตำแหน่งแทนนายพาส ปานะโปย ซึ่งย้ายไปที่อื่น
ในปีการศึกษา 2521 ทางราชการได้ขยายการศึกษาภาคบังคับตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง
ชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ในปีการศึกษาถัดมา
วันที่ 8 ตุลาคม พ.ศ. 2522 นายศิริ วิริยอุดมศิริ ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนวัดบ้านไทร และได้ย้ายนายไพโรจน์ ใสสดศรี ครูโรงเรียนวัดบ้านไทรมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2522
วันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2524 โรงเรียนเปิดสอนชั้นเด็กเล็ก
พ.ศ. 2526 ก.ค. ได้สั่งปรับปรุงตำแหน่งผู้บริหารจากครูใหญ่ เป็นตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ ซึ่งนายไพโรจน์ ใสสดศรี เป็นอาจารย์ใหญ่คนแรก
วันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2534 นายไพโรจน์ ใสสดศรี ย้ายไปดำรงตำแหน่ง อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านบุ สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอประโคนชัย และได้ย้ายแต่งตั้งนายมั่น ศรีสุริยชัย อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านแสลงโทน เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน พ.ศ. 2534 จนถึงวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2535 นายมั่น ศรีสุริยชัย ได้เกษียณอายุราชการ ทางราชการจึงย้ายและแต่งตั้งนายธีระพล มณีคำ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านโคกเพชรไสยา มาดำรงตำแหน่งแทนเมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2535
ใน ปี พ.ศ. 2537 ได้เปิดสอนชั้นอนุบาลชนบท แทนชั้นเด็กเล็กเป็นปีแรก และเปิดสอนชั้นอนุบาล 2 ในปีถัดมา
วันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2538 นายธีระพล มณีคำ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่ง อาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านหนองบอน สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอประโคนชัย และได้ย้ายนายไพบูลย์ พลภูเมือง ตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนบ้านสารภี สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอประโคนชัย มาดำรงตำแหน่งแทนในวันเดียวกัน
ปี พ.ศ. 2541 นายไพบูลย์ พลภูเมือง ได้รับอนุมัติให้ปรับปรุงตำแหน่งเป็นผู้อำนวยการสถานศึกษาและอนุมัติปรับปรุงตำแหน่งผู้ช่วยอาจารย์ใหญ่เป็นผู้ช่วยผู้อำนวยการ
ปี พ.ศ. 2558 นายบุญลือ ไชยชิต ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน แทน ตำแหน่งเดิมที่เกษียณอายุราชการ
ปัจจุบันโรงเรียนเปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6