เดิมโรงเรียนวัดเสาธง เป็นโรงเรียนประชาบาลตำบลสามหมื่น ๓ (อุตสาหะราษฎร์ศึกษาวัดเสาธง) เป็นโรงเรียนประชาบาลประเภทประชาชนจัดตั้งมาตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๘๐ นายโต๊ะ สมใจเพ็ง นายอำเภอ ให้เปิดเป็นโรงเรียนประเภทรัฐบาลจัดตั้ง ตั้งแต่วันที่ ๘ มิถุนายน ๒๔๘๒ จัดการสอนตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ ๑ – ๔
นายประเสริฐ สุนทรพงษ์ เป็นครูใหญ่
นายบุญศรี โฉมศรี เป็นครูน้อย
พระอธิการ จุ่น เจ้าอาวาส เป็นผู้อุปการะโรงเรียน
วันที่ ๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๘๕ ทางราชการได้สั่งย้าย นายประเสริฐ สุนทรพงษ์ ครูใหญ่ ไปเป็นครูน้อยที่โรงเรียนวัดขวาง และย้าย นายพริ้ง ยิ้มประเสริฐ มาจากโรงเรียนวัดโบสถ์ ตำแหน่งรักษาการแทน ต่อมานายบุญศรี โฉมศรี ขอย้ายไปอยู่โรงเรียนวัดวังยายหุ่น อำเภอเมือง และย้ายนายทรัพย์ ลอยมณี มาจากโรงเรียนวัดสะแกย่างหมู เรียนอยู่ที่ศาลาการเปรียญวัดเสาธง มีครูและนักเรียนเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ
วันที่ ๒๐ สิงหาคม ๒๕๑๐ ได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารเรียน แบบ ๐๐๘ ขนาด ๖ ห้องเรียน ในวงเงิน ๒๔๐,๐๐๐ บาท ได้เงินดังนี้
เงินงบประมาณ ๑๕๐,๐๐๐ บาท
เงินองค์การบริหารส่วนจังหวัด ๒๔,๐๐๐ บาท
เงินประชาชนบริจาค ๖๕,๐๐๐ บาท
ผู้ใหญ่บุญเลื่อน บำรุงศักดิ์ นายช่างผู้ควบคุมการก่อสร้าง เสร็จเรียบร้อย เมื่อวันที่ ๑ ธันวาคม ๒๕๑๐ และทำพิธีเปิดป้ายอาคารเรียน เมื่อวันที่ ๑๒ มกราคม ๒๕๑๑ ในสมัยนายอำเภอ ตอม พรหมาย และศึกษานิพนธ์ บุญประเสริฐ โดยให้ ผู้ว่าราชการจังหวัดสุพรรณบุรี นายสวัสดิ์ มีเพียร เป็นประธานเปิดป้ายอาคารเรียน
ต่อมา นายพริ้ง ยิ้มประเสริฐ ครูใหญ่ ได้จัดการต่อเติมอาคารเรียนด้านทิศตะวันตก จำนวน ๓ ห้องเรียน
ครูใหญ่พริ้ง ยิ้มประเสริฐ ได้บริจาคเงิน ๑๖,๘๐๐ บาท เงินผ้าป่าสามัคคี ๔๒,๐๐๐ บาท เงินผลประโยชน์จากนาวัด ๒ ปี ๒๑,๕๗๕ บาท เงินบำรุงท้องที่ ๕,๕๐๐ บาท เงินผันนายกคึกฤทธิ์ ปราโมท ปี ๒๕๑๘ ๑๔,๘๐๘ บาท ปี ๒๕๑๙ ๒๘,๙๐๘ บาท
เสร็จเรียบร้อยใช้การได้ จึงขออนุญาตเปิดชั้นประถมปลายตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ ๑ – ๗ เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๑๙
ในปี ๒๕๑๙ ได้งบต่อเติมอาคารเรียนด้านทิศตะวันออก จำนวน ๒ ห้องเรียน งบประมาณ ๑๗๐,๐๐๐ บาท เสร็จเรียบร้อย เต็มรูป แบบ ๐๐๘ เปิดให้เรียนได้ เมื่อ วันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๒๐
ปีการศึกษา ๒๕๒๔ ได้งบประมาณก่อสร้างโรงฝึกงาน ๑ หลัง เป็นเงิน ๓๕๐,๐๐๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๒๖ ได้จัดการสอนตามหลักสูตรใหม่ ตั้งแต่ชั้นประถมปีที่ ๑ – ๖ ตาม กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศใช้หลักสูตรประถมศึกษาพุทธศักราช
ปีการศึกษา ๒๕๓๖ ผู้ปกครองนักเรียนร่วมกันบริจาคเงินสร้างรั้วคอนกรีต เหล็กดัด ด้านทิศตะวันออกติดถนน เป็นเงินทั้งสิ้น ๒๔๘,๖๓๕ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๓๖ ได้งบก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ แบบ สปช. ๒๐๓/๓๖ขนาด ๒๐×๑๐ เมตร งบประมาณ ๓๙๐,๐๐๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๔๒ ได้งบประมาณก่อสร้างส้วม แบบ สปช. ๖๐๑/๒๖๑ หลัง จำนวน ๔ ห้อง พร้อมที่ปัสสาวะนักเรียนชาย งบประมาณ ๙๔,๓๕๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๕๐ ได้งบประมาณก่อสร้างสนามเด็กเล่น จาก อบต.บางปลาม้า ๕๐,๐๐ บาท
ปีการศึกษา ๒๕๕๕ ได้งบประมาณ มูลนิธิแมงปอ สร้างบ้านดิน จำนวน ๒๐๐,๐๐๐ บาท