โรงเรียนวัดสามัคคีธรรมตั้งขึ้นโดยหลวงพ่อนาค ปัญญาศิริ (วงษ์สุวรรณ) เจ้าอาวาสวัดสามัคคีธรรม (ปลายน้ำ) ในขณะนั้น ทำพิธีเปิดโดย นายบรรจง นาคปักษิณ นายอำเภอท่าพี่เลี้ยง (ปัจจุบันคืออำเภอเมือง สุพรรณบุรี) ร่วมกับนายถวิล วัฎฎานนท์ ธรรมการศึกษาอำเภอ เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2481 เปิดทำการสอน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 โดยมีนายทศ ธนโกเศศ เป็นครูใหญ่คนแรก โดยใช้ ศาลาวัดสามัคคีธรรม เป็นสถานที่เรียนและคณะกรรมการศึกษา เจ้าอาวาสวัด ครู ประชาชน ได้ช่วยจัดหาอุปกรณ์เกี่ยวกับการศึกษา จากนั้นได้พัฒนามาโดยลำดับ
ปี 2515 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 250,000 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 017 ชั้นเดียว 6 ห้องเรียน และหาสมทบจากพ่อค้า ประชาชนอีก 43,000 บาท และทำพิธีวางศิลาฤกษ์ อาคารเรียน เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน 2515 โดยนายวิโรจน์ ราชรักษ์ นายอำเภอเมืองสุพรรณบุรี เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2516 ได้ทำการเปิดอาคารเรียนซึ่งก่อสร้างเรียบร้อยแล้ว ในวันที่ 15 มีนาคม 2516 นายสวัสดิ์ มีเพียร ผู้ว่าราชการจังหวัดสุพรรณบุรี มาเป็นประธานในพิธี สรุปงบประมาณในการก่อสร้างและถมดิน เป็นจำนวนเงิน 330,000 บาท และคงใช้เป็นสถานที่เรียนจนถึงปัจจุบัน
ปี 2516 โรงเรียนได้รับบริจาคเสาธงคอนกรีตเสาเหล็ก จากนายเชียง และนางกิมไน้ เอี่ยมวิริยาวัฒน์ เป็นเงิน 8,610 บาท
ปี 2519 ได้ต่อเติมห้องเรียนชั้นล่าง รวมเป็น 12 ห้องเรียน ซึ่งเดิมได้ต่อเติมไว้ 1 ห้องแล้ว ใช้งบประมาณ 170,000 บาท
ปี 2525 ได้เงินงบประมาณก่อสร้างส้วมแบบ สปช. 4 ที่นั่ง 1 ห้อง จำนวนเงิน 50,000 บาท
ปี 2526 ได้เงินงบประมาณก่อสร้างอาคารเอนกประสงค์แบบ สปช. 201/26 จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 777,000 บาท
ปีงบประมาณ 2539 ทางโรงเรียนได้รับจัดสรรงบประมาณในการบูรณะโรงเรียน ที่ประสบ ปัญหาภัยธรรมชาติ น้ำท่วม โดยได้รับงบการทาสีอาคารเรียน แบบ 017 และทำคันกั้นน้ำรอบอาคารเรียน เป็นจำนวนเงิน 148,610 บาท และจากเดิมเป็นถนนลูกรังเป็นคอนกรีตเสริมเหล็ก กว้าง 4 เมตร ยาว 280 เมตร เป็นเงิน 369,400 บาท
ปี 2542 ได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ สปช.601/26 4 ที่นั่ง เป็นเงิน 111,000 บาท
ปี 2545 ปรับปรุงอาคารเรียนชั้นล่างด้วยการเทพื้นให้สูงขึ้นทุกห้องเรียน และปูพื้นกระเบื้อง เป็นเงิน 200,000 บาท โดยใช้งบประมาณจากการบริจาค และงบประมาณอุดหนุน จากเทศบาลตำบล ท่าเสด็จ 10,000 บาท
จัดสร้างที่แปรงฟันนักเรียน โดยใช้งบประมาณจากการจัดงานโรงเรียน เป็นเงิน ประมาณ 20,000 บาท
ปี 2546 จัดทำสวนหย่อมหน้าอาคารเรียน เพื่อใช้เป็นห้องเรียนธรรมชาติ และเพื่อให้ภูมิทัศน์ของ โรงเรียนมีความสวยงาม ร่มรื่น โดยชุมชนร่วมบริจาค 80,000 บาท
สร้างสนามเด็กเล่นโดยได้รับความร่วมมือจากชุมชน และเทศบาลตำบลท่าเสด็จ งบประมาณ 50,000 บาท
ปี 2547 สร้างระบบระบายน้ำเพื่อแก้ไขปัญหาน้ำท่วมขังในฤดูฝน โดยได้รับงบประมาณสนับสนุน จากเทศบาลตำบลท่าเสด็จ เป็นเงิน 120,000 บาท
จัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ จำนวน 5 ชุด พร้อมจัดทำระบบแลน (LAN) โดยได้รับความสนับสนุนจากเทศบาลตำบลท่าเสด็จ งบประมาณ 128,200 บาท
สร้างสวนหย่อมด้านข้างอาคารเรียน ด้วยการบริจาคจากชุมชน โดยคิดเป็นงบประมาณ ประมาณ 50,000 บาท
จัดทำที่ล้างจานและภาชนะมาตรฐาน ด้วยการสนับสนุนจากชุมชน โดยคิดเป็นงบประมาณ ประมาณ 60,000 บาท
โรงเรียน วัดและชุมชนจัดหาบริจาคที่ดินซึ่งติดกับพื้นที่นาหลังโรงเรียน ให้โรงเรียนใช้ประโยชน์ในการจัดการศึกษา จำนวน 10 ไร่เศษ
ปี 2548 รื้อบ้านพักครูที่ทรุดโทรม โดยนำวัสดุที่เหลือและใช้การได้มาปลูกสร้างอาคารเด็กเล็ก ชั่วคราว 1 หลัง ซึ่งใช้งบประมาณการก่อสร้าง โดยได้รับการสนับสนุนจากเทศบาลท่าเสด็จ คิดเป็นงบประมาณ 100,000 บาท และได้รับการบริจาคจากผู้ปกครองนักเรียน ประมาณ 50,000 บาท
ปี 2550 ดำเนินการถมที่ดินหลังโรงเรียน จำนวน 10 ไร่ เป็นเงิน 1,000,000 บาท โดยได้รับ การสนับสนุนจากเทศบาลตำบลท่าเสด็จ
ปี 2550 ได้รับงบประมาณจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา สุพรรณบุรี เขต 1 อุปกรณ์การจัดกิจกรรมการเรียนการสอนกลุ่มสาระการเรียนรู้ วิทยาศาสตร์ เป็นเงิน 100,000 บาท
ปี 2551 สร้างอาคารเรียน แบบ สปช 105/29 เป็นเงินงบประมาณ 3,000,000 บาท ในที่ดินที่ถมใหม่
ปี 2552 ย้ายอาคารเรียน แบบ 017 ขึ้นไปตั้งที่บริเวณถมใหม่ และจัดทำพื้นล่าง ด้วยเงินบริจาคจากชุมชน ประมาณ 800,000 บาท
รื้อส้วม 2 หลัง รื้อ ฝ 33 จำนวน 2 หลัง เนื่องจากโรงเรียนจะต้องลากเคลื่อนที่ อาคารไม้ แบบ 017 ผ่านมาตั้งเสมออาคารเรียนที่สร้างใหม่ สปช 105/29 โดยอนุญาตจาก สำนักงานธนารักษ์จังหวัดสุพรรณบุรี และสำนักงานเขตพื้นที่ประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 1
สร้างเสาธงใหม่เพื่อให้อยู่ในที่ที่โรงเรียนตั้ง ใช้งบประมาณจากการบริจาคจากชุมชน 100,000 บาท
สร้างห้องน้ำ ขนาด 8 ห้อง เป็นเงินบริจาคจากชุมชน ประมาณ 180 ,000 บาท
สร้างห้องน้ำ แบบสปช604-45 จำนวน 4 ที่นั่งเป็นเงิน240,000 บาท เป็นเงินงบประมาณ
ต่อเติมห้องใต้ถุนอาคารเรียน 107/29 จำนวน 1 ห้อง ขนาด 12 เมตร × 6 เมตร งบประมาณจากการบริจาค 100,000 บาท
ปี 2553 จัดทำสนามกีฬา ประกอบด้วย สนามฟุตบอล สนามบาสเก็ตบอล สนามฟุตซอล และสนามวอลเลย์บอล โดยได้รับงบประมาณ จาก ฯพณฯบรรหาร ศิลปอาชา
ปี 2553 จัดทำถนนลาดยางเข้าโรงเรียน ระยะทางประมาณ 900 เมตร โดยได้รับงบประมาณ จาก ฯพณฯบรรหาร ศิลปะอาชา
ปี 2555 ต่อเติมใต้ถุนอาคารเรียน สปช 105/ 29 จำนวน 2 ห้องเรียน ขนาด 13.5 × 6 เมตร งบประมาณแปรญัตติ จำนวน 320,000 บาท
รื้อ อาคารเอนกประสงค์ 201/26 เพื่อใช้พื้นที่บริเวณนั้นจัดสร้างศูนย์เด็กเล็ก ของเทศบาลตำบลท่าเสด็จ โดยเทศบาลตำบลท่าเสด็จเป็นผู้ดำเนินการรื้อถอนให้ และจัดสร้างอาคาร เอนกประสงค์ให้โรงเรียนใช้ประโยชน์ใหม่เป็นการชดเชย
ปี 2556 สร้างอาคารอเนกประสงค์ขนาดกว้าง 9 เมตร ยาว 21 เมตร งบเทศบาล ตำบลท่าเสด็จ เป็นเงิน 848,000 บาท และภายหลังได้ทำการขออนุญาตต่อเติมอาคารอเนกประสงค์ เพื่อใช้ประโยชน์เป็นโรงอาหาร
สร้างโรงจอดรถแบบโล่ง เป็นเงิน 129,800 บาท โดยใช้โครงเหล็กจากการลื้อ อาคารเอนกประสงค์ 201/26
ปี 2557 เปลี่ยนหลังคาโรงเรียน อาคารเรียน 017 ด้วยงบประมาณ 298,000 บาท
ปี 2558 สร้างป้ายโรงเรียนด้วยเงินบริจาค เป็นจำนวนเงิน 180,000 บาท
สร้างรั้วโรงเรียน ด้วยเงินงบประมาณ 940,000 บาท ระยะทาง 400 เมตร
ปี 2559 สร้างรั้วตาข่ายฐานรากมีเสาเข็ม 400 เมตร งบ 943,000 บาท
ปี 2560 สร้างรางระบายน้ำฝาเหล็กยาว 260 เมตร งบ 730,000 บาท
ปี 2561 ปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียน อาคารประกอบและสิ่งก่อสร้างอื่นที่ชำรุดทรุดโทรมและประสบอุบัติภัย งบ 174,400 บาท
ปี 2562 เปลี่ยนกระเบื้องมุงหลังคาอาคารเรียนแบบ สปช.105/29 งบ 244,100 บาท
ปี 2563 ปูกระเบื้องอาคารอเนกประสงค์และแผงบังแดด อาคาร สปช.105/29 งบประมาณ 187,500 บาท และทำห้องประชุม (ฉากกั้นห้องและผ้าม่าน) ชั้นล่างอาคารเรียน แบบ 017งบประมาณ 18,000 บาท
ปี 2564 ทำกันสาดหน้าอาคารเรียน แบบ 017 งบ 461,100 และแผงบังแดด 27,500 บาท ชั้นบนหน้าห้อง ป.1 – 3 อาคาร สปช.105/29 และข้างห้องผู้อำนวยการอาคารเรียน แบบ 017
ปี 2564 (ปรับปรุง/ต่อเติม/ซ่อมแซม)
ติดตั้งกันสาดหน้าอาคารเรียนแบบ 017 งบประมาณ 461,100 บาท
ปูกระเบื้องหน้าอาคาร 017 และปูกระเบื้องพื้นห้องเรียน สปช. 105/29 งบประมาณ 457,200 บาท
ปี 2565 ปรับปรุงซ่อมแซมเปลี่ยนฝาผนังและฝ้าโรงเรียน อาคารเรียนแบบ 017 จำนวน 6 ห้องเรียน งบประมาณ 497,400 บาท
ปี 2566 ปรับปรุงซ่อมแซมติดตั้งกันสาดหลังอาคารเรียนแบบ 017 งบประมาณ 499,200 บาท