โรงเรียนวัดมเหยงคณ์ ได้เริ่มก่อตั้งเป็นโรงเรียนประชาบาล ประเภทนายอำเภอจัดตั้งมาตั้งแต่วันที่ ๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๗๖ เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ อาศัยศาลาการเปรียญของวัดเป็นสถานที่เล่าเรียนตลอดมาปี พ.ศ. ๒๔๙๙ พระมหาต่วน ติกขญาโณ เจ้าอาวาสวัดมเหยงคณ์ พร้อมด้วยคณะกรรมการสถานศึกษา คณะครู และประชาชน ได้จัดหาทุนในการก่อสร้างโรงเรียนขึ้น ได้ทุนทั้งสิ้นเป็นเงิน ๒๔๖,๖๐๐ บาท (สองแสนสี่หมื่นหกพันหกร้อยบาทถ้วน) พร้อมกับได้รับงบประมาณของทางราชการอีก ๖๓,๔๐๐ บาท (หกหมื่นสามพันสี่ร้อยบาทถ้วน) รวมเป็นเงิน ๓๑๐,๐๐๐ บาท (สามแสนหนึ่งหมื่นบาทถ้วน) ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนขึ้น ๑ หลัง สร้างตามแบบ ก.ป. ๒ ไม่เต็มรูป กว้าง ๙ เมตร ยาว ๓๐ เมตร ๒ ชั้น ๘ ห้องเรียน วัสดุในการก่อสร้าง เสาไม้ตะค่าทั้งหมด คาน ตุง ชั้นล่างไม้ตะค่าผ่าสอง คานตงชั้นบนไม้เต็งรัง วัสดุอื่นๆ เป็นไม้สักทั้งหลัง สร้างเสร็จทำการฉลอง และเปิดทำการสอนเมื่อวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๐๒
ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๐ ได้ขออนุญาตต่อทางราชการเปิดเรียนชั้นประถมศึกษาตอนปลายขึ้น โดยขอเปิดชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ก่อน ก็ได้รับอนุญาตจากทางราชการ และปัจจุบันเปิดทำการสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ แล้ว
ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๓ อาคารซึ่งเป็นสถานศึกษาหลังที่ ๑ คับแคบ เพราะมีนักเรียนเพิ่มขึ้นทุกปี ท่านเจ้าอาวาส หลวงพ่อต่วน พระครูสุวกิจจาธร (หลวงพ่อมหาต่วน) ติกขญาโณ ได้เลื่อนสมณศักดิ์ ๕ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๑๕ คณะกรรมการศึกษา คณะครูและประชาชนร่วมกันจัดหาทุนเพื่อจะได้ก่อสร้างอาคารเรียนขึ้นอีก ๑ หลัง รวบรวมทุนได้ ๓๑๐,๐๐๐ บาท (สามแสนหนึ่งหมื่นบาทถ้วน) ดำเนินการก่อสร้าง ได้ทำพิธีวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๑๓ โดยนายสวัสดิ์ มีเพียร ผู้ว่าราชการจังหวัดสุพรรณบุรี เป็นประธานกรรมการ นายวิโรจน์ ราชรักษ์ นายอำเภอเมืองสุพรรณบุรี เป็นผู้อำนวยการ
ต่อมาเมื่อเดือนพฤศจิกายน ฤดูน้ำลดได้ทำการก่อสร้างโดยประมูลราคา อาคารเรียนหลังใหม่นี้ สร้างตามแบบ ป. ๐๑๕ ไม่เต็มรูป ๒ ชั้น ๑๔ ห้องเรียน กว้าง ๙ เมตร ยาว ๖๓ เมตร สูง ๑๐ เมตร
วัสดุในการก่อสร้าง เสาไม้เต็งรัง ไม้แดง ไม้ประดู่ ฐานรากตอกเข็มหลบ ๙ ต้น เทคอนกรีต คานคอดิน ติดต่อกันโดยใช้วัสดุถูกต้องตามสัญญาจ้างทุกประการ นายมนัส ขวัญดี เป็นผู้รับประมูลได้ ในราคา ๕๔๐,๐๐๐ บาท (ห้าแสนสี่หมื่นบาทถ้วน) แต่ขอเปลี่ยนวัสดุให้ดีขึ้นจากแปลนจะเพิ่มเงินให้นายช่างผู้รับเหมาอีกต่างหาก เช่น ขอรับ ขอสับ ฝาเปลี่ยนจากไม้ยางเป็นไม้ตะเคียนทองทั้งหลัง
เสร็จเรียบร้อยแล้วได้ทำพิธีเปิดป้ายฉลองอาคารเรียน เมื่อวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๑๕ และ เปิดทำการสอนมาจนถึงปัจจุบัน
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๑๖ ประมาณเดือนพฤศจิกายน โรงเรียนได้รับงบประมาณก่อสร้างโรงฝึกงาน ๑ หลัง จากองค์การบริหารส่วนจังหวัด
ในปี พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ ๖๐๑/๒๖ จำนวน ๑ หลัง สี่ห้อง แล้วเสร็จ และส่งมอบงานในวันที่ ๑๒ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๓๒
ในปี พ.ศ. ๒๕๓๖ พระครูศรีปริยัตยาทรรับบริจาคสร้างรั้ว จำนวน ๔๕ ช่อง
ในปี พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้รับงบประมาณสร้างรั้วคอนกรีต จำนวน ๑๒๐ เมตร
ในปี พ.ศ. ๒๕๔๔ พระครูศรีปริยัตยาทรรับบริจาคก่อสร้างอาคารอเนกประสงค์ ๑ หลัง
ในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๙ ได้งบช่วยเหลือความเสียหายทางอุทกภัย จากธนาคารไทยพาณิชย์ จำนวน ๘๐๐,๐๐๐ บาท (แปดแสนบาทถ้วน) ปูกระเบื้องเชื่อมอาคาร และด้านหน้าอาคาร แบบ ก.ป. ๒ และอาคารเรียนแบบ ป. ๐๑๕
ในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๕๔ ปูกระเบื้องพื้นโรงฝึกงาน งบประมาณจากความเสียหายทางอุทกภัย เป็นเงิน ๖๖๙,๙๐๐ บาท (หกแสนหกหมื่นเก้าพันเก้าร้อยบาทถ้วน)
- ขัดพื้นเคลือบยูริเทนพื้นไม้อาคารเรียน แบบ ก.ป. ๒ และอาคารเรียน แบบ ป. ๐๑๕
- ปูกระเบื้องทางเท้า หน้าอาคารเรียน แบบ ป. ๐๑๕
- ทาสีรั้วโรงเรียน
- ปรับปรุง ส้วม ๖ ที่นั่ง ทาสี ปูพื้นกระเบื้อง
- ลานกีฬาเอนกประสงค์ งบประมาณ ๑๔๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนสี่หมื่นบาทถ้วน)
- โรงจอดรถ ถมทรายปรับพื้น เทพื้นคอนกรีตเสริมเหล็ก
ในปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๕๕ ปรับปรุงซ่อมแซม อาคารเรียน อาคารประกอบ และสิ่งก่อสร้างที่ชำรุดเสียหายจากอุทกภัย งบประมาณ ๒,๔๒๙,๐๐๐ บาท (สองล้านสี่แสนสองหมื่นเก้าพันบาทถ้วน) อาคารเรียน แบบ ก.ป. ๒ และอาคารเรียนแบบ ป. ๐๑๕
- ปรับพื้นไม้อาคารเรียน (ไม้โก่งงอ)
- ขัดพื้น ทายูริเทน
- ทาสีไม้ฝาผนัง ทั้งในและนอกอาคารเรียน
- ทาสีรั้วโรงเรียน
- กำแพงคอนกรีตเสริมเหล็กรอบบริเวณโรงเรียนป้องกันน้ำท่วม
ปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๕๘ ปรับปรุงซ่อมแซม อาคารเรียน อาคารประกอบ และสิ่งก่อสร้างที่ชำรุด งบประมาณ ๑๐๐,๐๐๐ บาท (หนึ่งแสนบาทถ้วน) ทาสีห้องเรียนและอาคารเรียน แบบ ป. ๐๑๕ ทั้งหลัง
ปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๕๘ ก่อสร้างส้วมแบบ สปช. ๖๐๔/๔๕ งบประมาณ ๒๖๒,๗๐๐ บาท (สองแสนหกหมื่นสองพันเจ็ดร้อยบาทถ้วน)