โรงเรียนวัดกรุณา จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ.2465  เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1  ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 โดยใช้ชื่อว่า โรงเรียนประชาบาล  ตำบลบางหลวง 2 (วัดกรุณา) ได้จัดตั้งขึ้นโดย นายอำเภอสรรพยา โดยอาศัยศาลาวัดเป็นที่เรียน ดำรงอยู่ด้วยเงินอุดหนุนศึกษาพลี ต่อมาได้ย้ายไปเรียนที่วัดโพธิ์งาม ใช้ชื่อว่า โรงเรียนประชาบาลตำบลบางหลวง 1 (วัดโพธิ์งาม) และได้ย้ายกลับมาเรียนที่เดิมคือ วัดกรุณา ต่อมาเจ้าอาวาสวัด คณะครู และประชาชน ได้ร่วมกันจัดตั้ง สร้างเป็นโรงเรียนเอกเทศ ตามแบบ ป.1 พิเศษ ของกรมสามัญ ขนาด 4 ห้องเรียน เป็นอาคารไม้ชั้นเดียว ในที่ธรณีสงฆ์ จากกรมชลประทานได้เวนคืนให้กับวัดกรุณา และงบประมาณทางราชการ จำนวน 55,000 บาท และเงินสมทบจากหน่วยพัฒนาอีก เป็นเงิน 65,000 บาท จึงได้ย้ายจากศาลาการเปรียญมาเรียนอาคารสร้างใหม่จนถึง พ.ศ. 2519 

           เมื่อวันที่ 1  พฤศจิกายน  พ.ศ.2519 คณะกรรมการศึกษา คณะครู ร่วมกันจัดหาเงินสมทบจากประชาชน  รวม 320,000 บาท จัดสร้างอาคารแบบ ป.1 ข(ตึก) จำนวน 4 ห้องเรียน 

              เมื่อวันที่  1  พฤษภาคม  พ.ศ.2520  เริ่มเรียนที่อาคารสร้างใหม่นี้  และเมื่อวันที่ 2  กรกฎาคม พ.ศ. 2532  พระครูพิศิษฐ์ชัยคุณเจ้าอาวาสวัดกรุณา ได้สร้างอาคารเรียนแบบทรงไทยขึ้น 1 หลัง เพื่อเป็นที่เรียนของชั้นเด็กเล็ก จำนวนเงิน  153,093  บาท