Музей засновано 17 жовтня 1974 року на честь 30-річчя визволення України від нацистських загарбників, у колишньому Кловському палаці на Печерську. Невдовзі розпочалося будівництво Меморіального комплексу «Український державний музей історії Великої Вітчизняної війни 1941—1945 років» на вулиці Січневого повстання, 44, який відкрився 9 травня 1981 року. 21 червня 1996 року музею надано статус національного. Відтоді він мав офіційну назву "Меморіальний комплекс «Національний музей історії Великої Вітчизняної війни 1941—1945 років». 16 липня 2015 року відповідно до законів про декомунізацію музей отримав назву «Національний музей історії України у Другій світовій війні. Меморіальний комплекс».