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Variantes de preocupação do SARS-CoV-2 em circulação
Variantes de preocupação do SARS-CoV-2 em circulação
Variantes de preocupação (VOC – do inglês variants of concern) são aquelas com evidências científicas de mudança no comportamento do vírus como aumento da transmissibilidade, aumento dos casos graves ou eficácia reduzida de vacinas.
Dados de sequenciamento genômico
Dados de sequenciamento genômico
Os dados são provenientes da base de dados GISAID (https://www.gisaid.org) que armazena genomas sequenciados por diferentes laboratórios, além de incluir genomas recentemente sequenciados pelo CEVS/SES-RS ou notificados por diferentes laboratórios ao CEVS/SES-RS. A determinação da linhagem do SARS-CoV-2 segue o sistema para a classificação das linhagens Pangolin (Phylogenetic assignment of named global outbreak lineages) e as nomenclaturas determinadas pela Organização Mundial da Saúde para as VOCs (https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants).
Análise por qRT–PCR de inferência
A análise por qRT–PCR de inferência consiste na identificação de deleções/mutações principalmente na proteína Spike do coronavírus, como a deleção dos códons 69-70. Essa deleção específica está presente na maioria das sequências da sublinhagem BA.1, BA.4 e BA.5 e não é comumente identificada na sublinhagem BA.2 da variante Ômicron nem na variante Delta. Dessa forma, a RT-PCR de inferência permite identificar em conjunto com o cenário de linhagens circulando, a prevalência de diferentes VOCs no território gaúcho.
Gráficos Interativos
Alguns dos nossos gráficos possuem uma versão interativa desenvolvida com Plotly, permitindo uma melhor exeperiência e visualização dos dados. Um breve tutorial de uso pode ser encontrado no link abaixo ou no menu principal.
*Teste para detecção de SARS-CoV-2 e triagem de VOCs desenvolvido pelo LATED/Bio-Manguinhos em parceria com LVRS/IOC. Este ensaio detecta a presença das deleções dos códons 106/108 na Proteína não Estrutural 6 (NSP6) e também dos códons 69/70 na proteína Spike, e é distribuído pelo Ministério da Saúde aos Laboratórios Centrais de Saúde Pública do país.
**Teste comercial que identifica a presença ou ausência da deleção dos códons 69/70 na proteína Spike.
*Teste para detecção de SARS-CoV-2 e triagem de VOCs desenvolvido pelo LATED/Bio-Manguinhos em parceria com LVRS/IOC. Este ensaio detecta a presença das deleções dos códons 106/108 na Proteína não Estrutural 6 (NSP6) e também dos códons 69/70 na proteína Spike, e é distribuído pelo Ministério da Saúde aos Laboratórios Centrais de Saúde Pública do país.
**Teste comercial que identifica a presença ou ausência da deleção dos códons 69/70 na proteína Spike.
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