La storia della comunità valdese sangiovannese rappresenta un autentico fenomeno culturale locale che, nel tempo, ha segnato la storia del paese con ricadute sia sul piano sociale che economico.
Essa affonda le sue prime radici negli ultimi decenni dell’Ottocento ed è strettamente legata alle vicende storiche contemporanee (cfr. il libro di Franco Monaco, I Valdesi a San Giovanni Lipioni, Editpress, 2008).
Le prime testimonianze documentate rivelano che l'inizio è sostanzialmente legato al grande fenomeno migratorio che caratterizzò la fine dell’Ottocento, in particolare verso gli Stati Uniti d’America. Si devono al rientro in paese degli emigranti di quel periodo l’affermazione e la diffusione di nuove idee confessionali.
Alcuni sangiovannesi all'epoca si recavano nei paesi vicini, tra cui Schiavi d’Abruzzo, per partecipare alle celebrazioni tenute dal pastore evangelico.
A tali frequentazioni seguono richieste di visite regolari in paese: la prima documentata, datata 24 maggio 1904, è sottoscritta da una trentina di persone. Le visite, tenute presso abitazioni private, vanno avanti con regolarità fino all’avvento del fascismo.
La seconda petizione documentata, datata 30 marzo 1956 e sottoscritta da una ventina di persone, segue di poco la morte di Felice Antonio Monaco, classe 1874, noto come “Lu Prutusc’tand” (''il protestante''). Uomo semplice, comunista, emigrato per un periodo negli Stati Uniti, si era convertito ed era entrato a far parte dell’Esercito della Salvezza nello Stato del Maine ed aveva espressamente richiesto alla famiglia di avere un funerale celebrato da un pastore evangelico.
La famiglia, attivatasi attraverso la comunità valdese di Carunchio, non poté dare seguito alla richiesta per una serie di circostanze avverse, ma l’occasione creò il contatto con il pastore Aldo Rutigliano, operante allora a San Giacomo degli Schiavoni vicino Termoli (CB).
Erano quelli gli anni della Guerra Fredda, delle grandi contrapposizioni politiche ed ideologiche, che in paese si esplicavano in uno ''scontro'' continuo tra il parroco e i militanti comunisti locali.
Tra questi ''scontri'' si ricorda che nel 1954 il parroco rifiutò di dare la benedizione alla salma di Francesco Rossi presso il cimitero dopo un breve elogio funebre da parte dei rappresentanti della locale sezione del Partito Comunista Italiano, mentre nel 1955 non fece ammettere in chiesa. al funerale di Corinto Rossi. la corona di fiori sempre della locale sezione del Partito Comunista Italiano.
Ripresero, così, in paese le visite regolari del pastore evangelico, sempre presso abitazioni private ma continuamente osteggiate, che portano nel 1961, con il pastore Giulio Vicentini, al riconoscimento da parte della Conferenza distrettuale della comunità valdese sangiovannese come “chiesa costituita” e quindi alla decisione di costruire un Tempio valdese.
La costruzione del Tempio in Piazza Largo del Popolo, anch’essa osteggiata, ha inizio nel 1962, su progetto del professore Gianni Koenig, docente presso la Facoltà di Architettura dell’Università degli Studi di Firenze. L’inaugurazione, alla presenza del moderatore della Tavola Valdese, Ermanno Rostan, avviene l’8 dicembre 1964.
Il primo elenco ufficiale dei membri della Chiesa consta di ben 225 nominativi, tra ammessi e simpatizzanti.
Sono gli anni ’60 e ’70 quelli maggiormente caratterizzati dalla presenza della comunità valdese, particolarmente attiva anche nella vita del paese.
Ad essa si devono importanti interventi di assistenza all’intera popolazione in occasioni di grandi calamità, come la grandinata del 1960, il sostegno alla costituzione nel 1961 della cooperativa agricola “Unità Contadina”, l’istituzione negli anni scolastici nel 1972-’73 e 1973-’74 di un doposcuola per tutti gli alunni delle scuole elementari e medie inferiori, protestanti e cattolici.
In quegli anni, inoltre, molti ragazzi e ragazze sangiovannesi si recano negli istituti valdesi di Pomaretto (TO), Torino, Firenze, e riescono così a conseguire un titolo di studio o ad apprendere un mestiere.
Per non parlare degli emigranti sangiovannesi a Ginevra in Svizzera e in Germania, che ricevono assistenza continua unitamente alle famiglie rimaste in paese, soprattutto con lavori di traduzione e compilazione di documenti diversi.
Oggi la comunità valdese si trova dispersa in varie parti d’Italia e all’estero. Quella in loco, per effetto dello spopolamento generale, consta di poche persone, tutte anziane. Il pastore non è più presente in paese ed è condiviso con le altre comunità di Vasto, San Salvo e Carunchio.
Il Tempio Valdese, ormai di difficile gestione, nel 2012 è stato messo in vendita dalla Tavola Valdese ed è stato acquistato dal Comune, che l’ha recuperato e ne ha fatto un Centro culturale nel rispetto della memoria storico-sociale e architettonica del luogo.