Calnali fue fundado en el año de 1730 por el molanguense Diego Félix. Se cree que en el siglo XVIII los españoles estuvieron en este lugar, así como los chichimecas, toltecas y los huastecos, ya que se encontraron vestigios de esas culturas. Calnali tiene cultura ancestral sorprendente, es un pueblito típico de la sierra madre oriental, con una gran belleza y colorido, hospitalario por naturaleza.
Calnali cuenta con tres aspectos importantes:
1.-La Bandera rescatada a los franceses.
2.-El Cerro de la Aguja; es el emblema de Calnali “Guardián Calnalence”
3.-“El Cuernudo” la imagen del carnaval; ícono de Calnali.
En noviembre de 1865 al pasar los franceses por Calnali tomaron por sorpresa la presidencia, sin ninguna resistencia, debido a que la mayoría de sus pobladores eran trabajadores de campo y se encontraban fuera del poblado; quedando el presidente Juan Mongrobejo imposibilitado para defenderse, y así poder tomar la bandera de la presidencia.
Algunas mujeres al observar lo ocurrido, acudieron a la finca de don Jesús Samaniego, en donde trabajaban sus esposos para decirles lo ocurrido, haciendo que todos se encaminaran con dirección al pueblo llevando cal en sus delantales y sus herramientas de trabajo que consistían en machetes; sin medir las consecuencias que pudiera implicar el enfrentamiento con los europeos armados.
En seguida, con la indignación de hombre patriota, don Jesús y su pequeño grupo se abalanzaron sobre los intrusos; valientemente algunas mujeres arrojaban cal a los ojos de los franceses y otras piedras. Al no tener tiempo de hacer uso de sus fusiles lo franceses huyeron temerosos en diferentes direcciones, quienes en su huida encontraron a los señores Casimiro Campa, José María López, Jesús Ortega y otros dos más cuyos nombres se ignoran, en el camino a Zacualtipán haciéndolos presos para colgarlos en los suburbios de esa población; conociéndoles como “Los mártires de Calnali” declarando día de luto local, que honraba la muerte de estos mártires; sin embargo, este decreto ha desaparecido de las oficinas de la presidencia.
Don Jesús Samaniego conservó la bandera recogida a los franceses y al trasladarse a Querétaro en 1867, al frente de 30 hombres, la llevó consigo enarbolándola en el sitio que acabó finalmente con el imperio.
El movimiento social revolucionario de 1910 encabezado por don Francisco I Madero, marca una etapa en la vida independiente de México. En Calnali se sumaron a este movimiento hombres valiosos como el general Estanislao Olguín, el general Clemente Villegas, don Ambrosio Hernández, don Felipe de J. Sierra, don Saturnino Melo, don Atanasio Cisneros, don Guadalupe Melo, don Teófilo Hernández, don Adelaido Melo, don Crescencio Priego, don Olayo Melo, don Erasto Salas y otros que en 1911 formaron parte del regimiento “Galeana” organizado por el General Francisco de P. Mariel que operó en la región de la Huasteca.