A lo largo de su historia, la UNMSM ha tenido varias etapas y cambios, entre los que se destacan:
Primeras décadas: La universidad sufrió por la rivalidad de los sacerdotes de otras órdenes, como los jesuitas, franciscanos, agustinos y mercedarios.
Periodo de la Ilustración: Las reformas Borbónicas transformaron la universidad en una institución secular, que mantiene esta condición hasta el día.
1576: La universidad se trasladó al local de San Juan de la Penitencia, en la plaza de la Inquisición (actualmente plaza Bolívar), donde permaneció por casi tres siglos.
1856: La universidad adoptó su nombre actual bajo el gobierno del presidente Ramón Castilla.
1946: Se fundó la Facultad de Medicina Veterinaria.
1965: La Facultad de Letras y Ciencias Humanas adoptó su nombre actual.