La Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) fue fundada el 12 de mayo de 1551 por Fray Tomás de San Martín, de la orden dominica, con una cédula del emperador Carlos V. Sin embargo, la universidad no se fundó realmente hasta 1553, cuando inauguró sus labores en el convento de Santo Domingo. 

A lo largo de su historia, la UNMSM ha tenido varias etapas y cambios, entre los que se destacan:

• Primeras décadas: La universidad sufrió por la rivalidad de los sacerdotes de otras órdenes, como los jesuitas, franciscanos, agustinos y mercedarios. 

• Periodo de la Ilustración: Las reformas Borbónicas transformaron la universidad en una institución secular, que mantiene esta condición hasta el día. 

• 1576: La universidad se trasladó al local de San Juan de la Penitencia, en la plaza de la Inquisición (actualmente plaza Bolívar), donde permaneció por casi tres siglos. 

• 1856: La universidad adoptó su nombre actual bajo el gobierno del presidente Ramón Castilla. 

• 1946: Se fundó la Facultad de Medicina Veterinaria. 

• 1965: La Facultad de Letras y Ciencias Humanas adoptó su nombre actual.