2009年發生莫拉克風災，一群長期與南部原住民研究有地緣關係的文化、人類、民族及生態學者：簡文敏、林清財、段洪坤、洪淑芬、康豹、黃智慧、潘英海、簡炯仁等人組織「小林平埔原住民族文化重建協會」，陪伴災民並協助自救會對內、對外的相關重建工作。2010年，重建協會完成階段任務後，改組為「台灣平埔原住民族文化學會」，以台灣平埔原住民族文化之研究、保存與發展為宗旨。
理事長：葉高華
秘書長：陳叔倬
常務理事：葉高華、李瑞源、潘正浩
理事：鄧相揚、張素玢、潘麒宇、劉秋雲、陳俊男、賴建宏
常務監事：乃俊廷
監事：簡史朗、陳水木
第一屆～第三屆理事長：林清財（2010-2019）
第四屆、第五屆理事長：詹素娟（2019-2025）
第一屆～第五屆秘書長：段洪坤（2010-2025）