組織沿革
吾校本沿民主，自建豐布令，中樞解嚴，自治便已權輿，惟時遷 已，爨熄朤晦。
曩昔百家爭放，枝繁葉茂，而今存堇育才、駝城、三厝尚留其蘊， 又三厝主志，駝城重律，育才力行。然色氏干政，壞法惡制，三厝 卅志，九仞一簣；而內情不義，徒存形式，又有操亂之事，因衰駝 城之風；育才繼前人之志，自鯤島復法始，組織力行，獨領風騷， 但師生怨懟，致使日漸益頹，倡而不和；三校崩，斯風已近亡，此 乃危急動盪之時也。
吾等無前人深謀遠慮之才，無前輩剖弊析利之能，無前日之風，無 前時之貨，僅能為吾校之自治戮力，兢兢業業，恐懈懼怠，望异日 繼余等之志，增己之德，擢己之能，促其成功，使聲名遠播，吾校 是榮。
臺南一中學生自治會與班聯會76~103
民國76年，因應台灣、澎湖解嚴，自治之風一時大盛，臺南一中與前輩感於社會巨變，遂成立「臺南一中學生自治會」是為本校解嚴後第一個學生自治組織，並於83年起便已與臺南女中班聯會聯合辦理竹音椰韻歌唱大賽等大型學生活動。惟郭公夏五、斷簡殘編所致，其中歷史殘闕，而後改組為臺南一中班聯會，其中過程並已佚失。
自97級社團改動，班聯會由原先僅各班班代組成之類社團組織增設社團部分，自此奠定執行(班聯社團部分)、審議(班聯會班級代表會議)分立之雛形。惟學生對於校際活動之無感，初時僅從事配合校令推動學生活 動。
102年6月13日經101學年度第四次班聯大會通過《國立臺南第一高級中學班級代表聯合會組織章程》全文五十三條，自102學年度起正式成為校級學生自治組織。
臺南一中學生會103~106
103學年度起，臺南一中班聯會更名為「臺南一中學生會」與班代大會並為全校學生自治組織。
105年起開辦「竹林盃」籃球賽。
105年6月29日《國立臺南第一高級中學 學生服飾禮儀公約》於校務會議通過，象徵南一中學權的萌芽。
105學年度第三屆(百七級)楊埕鋐會長任命之股長始有學權長一職。
學聯會會旗
臺南一中學聯會106~
第一屆
106年6月20日105學年度第四次學代大會通過百七級鍾晨屹所起草之《國立臺南第一高級中學學生聯合自治會組織章程》全文四十條，「國立臺南第一高級中學學生聯合自治會」正式成立。與此同時成立學生議會、評議委員會分別掌管立法、司法，達到三權分立。
本會屆次以105學年度楊埕鋐會長起算。
第二屆
106年8月1日第二屆會長蔡佳穎就任。
劉睿緯當選106學年度第二屆學生議會第一會期議長。
林宸兆當選106學年度第二屆學生議會第二會期議長。
107年6月106學年度下學期學生議會第二次大會第一章程修正案，修改章程第三十三、三十四條，廢止收取新生會費。
第三屆
107年8月1日第三屆會長郭鴻霆就任。
韓允晨當選107學年度第三屆學生議會第一會期議長。
李宇為當選107學年度第三屆學生議會第二會期議長。
108年3月14日因應教育部公布之《高級中等學校輔導學生會及其他相關自治組織運作注意事項》，制定章程會員代表大會通過第二章程修正案，修正通過全文四十七條，學生議會增額三席全校選舉區席次並納入高三畢業代表、進修部學生，評議委員會改組學生評議委員會。
柯厚均任學生評議委員會代理主任委員。
第五屆
第六屆
110年8月30日第七屆會長陳亞昕就任。
第七屆
111年8月30日第七屆會長陳柏邑就任。
翁柏文當選111學年度第七屆學生議會第一會期議長。
第八屆
112年8月30日第八屆會長王紹帆就任。