เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าคลองนาคาถือเป็นผืนป่าอันอุดมสมบูรณ์ที่สุดแห่งหนึ่งในภาคใต้ ที่นี่มีเนื้อที่ราว 331,456 ไร่ โดยมีพื้นที่ติดต่อกับเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าคลองแสง จังหวัดสุราษฎร์ธานี และอุทยานแห่งชาติศรีพังงา จังหวัดพังงา มียอดเขาต่างๆ ที่สูงชันและเป็นแหล่งต้นน้ำลำธารหลายแห่งเช่น เขาหลังคาตึก เขาพระหมี เขานาคา เขาพ่อตาหลวงแก้ว และเขาเหมืองโชน