A origem do nome Pernambuco é controversa. Alguns estudiosos afirmam que vem da aglutinação dos termos tupis para’nã, que quer dizer “rio grande” ou “mar”, e buka, “buraco”. Assim, Pernambuco seria um “buraco no mar”, referindo-se ao Canal de Santa Cruz na Ilha de Itamaracá ou à abertura que existe nos arrecifes entre Olinda e o Recife.[21] Segundo outros afirmam, era a denominação nas línguas indígenas locais da época do descobrimento para o pau-brasil. Uma terceira hipótese adviria também do tupi, paranãbuku, isto é, “rio comprido”, uma provável alusão ao rio das capivaras, o Capibaribe, já que mapas primitivos assinalam um tal “rio Pernambuco” ao norte do Cabo de Santo Agostinho. Há ainda uma quarta hipótese, aventada pelo pesquisador Jacques Ribemboim,[22] segundo a qual a etimologia teria origem na língua portuguesa: o Canal de Santa Cruz, no início do século XVI, era conhecido como "Boca de Fernão" (referência ao explorador de pau-brasil Fernão de Noronha), e os índios possivelmente o chamavam de algo próximo a "Pernão Boca" ou "Pernambuka", que teria dado origem ao nome Pernambuco.