Отряд 99 - отряд клонов-коммандос, один из самых престижных и смертоносных боевых единиц, возглавляемый сержантом Охотником. Изначально в Отряд 99 входили четыре солдата-коммандос, имевших особые генетические модификации: снайпер Прицельщик, мускулистый и грубый Крушила, расчетливый Тех и сержант Охотник, который был опытным бойцом ближнего боя и мог ощущать планетарные электромагнитные поля. После Битвы за Анаксес к группе присоединился ЭРК Эхо.
Примечание: все бойцы отряда обязаны обучиться на приписку ARC.