吉留 崇 (Takashi Yoshidome)
東北大学 大学院工学研究科 応用物理学専攻 数理物理学分野 准教授
(兼務:CREST、ソフトマテリアル研究拠点、先端スピントロニクス医療応用工学共同研究講座)
takashi.yoshidome.b1 [AT] tohoku.ac.jp
論文受理・出版など
吉留が参画した課題がCRESTに採択され、2022年10月よりスタートしました。
「次世代放射光X線ナノCT計測の確立と展開」 (研究代表者:高山 裕貴 )T. Yoshidome,
"Four-Dimensional Imaging for Cryo-Electron Microscopy Experiments Using Molecular Simulations and Manifold Learning",
Journal of Computational Chemistry, Vol. 45, 738 (2024). [Open access]T. Yoshidome,
"Mechanism of a High Free-energy Transduction Efficiency of Bacillus PS3 F1-ATPase from the Perspective of Solvent Entropy",
Journal of Molecular Liquids, Vol. 391, 123346 (2023).K. Kawama, Y. Fukushima, M. Ikeguchi, M. Ohta, and T. Yoshidome (Corresponding author, 学生指導)
"gr Predictor: A Deep-Learning Model For Predicting the Hydration Structure of Proteins",
Journal of Chemical Information and Modeling, Vol. 62, 4460 (2022).
プログラム"gr Predictor":https://github.com/YoshidomeGroup-Hydration/gr-predictor小田垣 孝、吉留 崇、大久保 毅、
「現代の物性物理学」(M. L. Cohen and S. G. Louie: Fundamentals of Condensed Matter Physics)
吉岡書店、2021年9月出版 Amazonのページ
講演
IUPAB2024, 2024/6/24-28
Takashi Yoshidome,
"Hybrid of Manifold Learning and Molecular Simulation to Reconstruct the Protein Conformational Change using Cryo-Electron Microscopy Experiment"(Poster, 6/26)Taichi Ito and Takashi Yoshidome,
“Fast Computational Method for the Hydration Free Energy” (Poster, 6/26)Souta Kadowaki and Takashi Yoshidome,
“Molecular Dynamics Study of the Unfolding Processes of Proteins with Highly Similar Native Structure” (Poster, 6/27)Yuki Ito, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, and Takashi Yoshidome
“Deep Learning-Based Water Molecule Displacement Prediction Method for Improving the Accuracy of Drug Discovery Docking Software” (Poster, 6/28)
12th Liquid Matter Conference, Mainz, Germany, 2024/9/22-27
Shota Arai, Gota Kikugawa, Yuki Takayama, and Takashi Yoshidome,
"Manifold-Learning Approach to Material Data: Application to Experimental Data of Liquid Substances and Porous Structural Data"(Poster)
Biomolecular Horizons 2024, Melbourne Convention & Exhibition Centre, Australia, 2024/09/26
Takashi Yoshidome, Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta,
"Deep-Learning Model For Fast And Accurate Computation Of Hydration Structures Around Proteins"(Invited)
研究テーマ
キーワード:タンパク質、水和、深層学習、液体の統計力学理論、低温電子顕微鏡、多変量解析、ガラス転移
水和に主眼を置いたタンパク質折り畳み・変性・機能発現機構の統一的理解、及び創薬への応用
マニフォールドラーニングを用いた低温電子顕微鏡実験データ分類・解析法の開発と応用
自由エネルギーランドスケープ理論を用いたガラス転移の理解