小塚 太資
ポスドク研究員 at University of California, Santa Barbara (Biological Control Lab)
Email: tkotsuka at ucsb.edu
Research interests
・分子通信 ・フィードバック制御 ・生体分子システム
・合成生物学 ・制御工学 ・確率システム
Webpages
2018年 慶應義塾大学 理工学部 物理情報工学科 卒業．Double Degree Programにより，2021年 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 物理情報工学専修 修士課程修了，および2021年 Technical University Munich, Physics Dept., Biophysics 修士課程修了．2024年 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 物理情報工学専修にて博士（工学）を取得．2021年4月よりポスドク研究員としてUniversity of California, Santa Barbaraに所属し，現在に至る．制御工学と合成生物学の融合研究に従事しており，特にバクテリアや分子ロボットから構成される分子通信システムの解析・設計のための制御理論の提案を行っている．
経歴
2018年3月 慶應義塾大学 理工学部 物理情報工学科 卒業
2021年3月 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 物理情報工学専修 修士課程修了 (Double Degree Program)
2021年3月 Technical University Munich, Physics Dept., Biophysics 修士課程修了 (Double Degree Program)
2024年3月 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 物理情報工学専修 博士（工学）取得
2022年4月 - 2024年3月 JSPS特別研究員（DC2）
2024年4月 - 現在 Postdoctoral Scholar, University of California, Santa Barbara, Mechanical Engineering Dept.
2024年4月 - 現在 JSPS海外特別研究員
Activity
分子サイバネティクス研究会（分子ロボティクス研究会）若手勉強会 運営実行委員
主催：科研費学術変革領域(A)「分子サイバネティクス」
後援：計測自動制御学会システム情報部門「知能分子ロボティクス調査研究会」
計測自動制御学会システム情報部門「分子ロボティクス調査研究会」 2020年度 学生実行委員
受賞歴
2023年度学会賞「奨励賞」，一般社団法人 システム制御情報学会，2023 年 3 月．
SCI学生発表賞，第66回 システム制御情報学会 研究発表講演会，京都，2022 年 5 月．
若手研究奨励賞，第5 回分子ロボティクス年次大会，オンライン開催，2021 年 11 月．
ジャーナル論文（査読有）
T. Kotsuka, Y. Hori, "Stability analysis for large-scale multi-agent molecular communication systems," IEEE Transactions on NanoBioscience, vol. 23, No. 3, pp. 507-517, 2024. (10.1109/TNB.2024.3404592).
S. Kitada, T. Kotsuka, Y. Hori, "Analysis of Signal Distortion in Molecular Communication Channels Using Frequency Response," New Generation Computing, vol. 42, pp. 253-270, 2024 (Co-first author) (https://doi.org/10.1007/s00354-024-00258-1).
T. Kotsuka, Y. Hori, "A Control-theoretic Model for Bidirectional Molecular Communication Systems," IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications, vol. 9, No. 3, pp. 274-285, 2023. (10.1109/TMBMC.2023.3290077)
T. Kotsuka, Y. Hori, "Spatial Frequency-Based Characterization of Disturbance Rejection in Molecular Communication Systems," IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications, vol. 8, No. 1, pp. 36-43, 2022. (10.1109/TMBMC.2021.3083726)
プレプリント
S. Kitada, T.Kotsuka, Y. Hori, "Analysis of Signal Distortion in Molecular Communication Channels Using Frequency Response," (arXiv), 2024.
T. Kotsuka, Y. Hori, "Stability analysis for large-scale multi-agent molecular communication systems," (arXiv),2023.
T. Kotsuka, Y. Hori, "Stability analysis for circulant structured multi-agent molecular communication systems," (arXiv),2023.
T. Kotsuka, Y. Hori, "A Control-theoretic model for bidirectional molecular communication systems," (arXiv),2022.
国際会議論文（査読有）
T. Kotsuka, E. Yeung, “Controlling Mode Placement of Multi-Modal Biomolecular Systems Based on Chemical Fokker Planck equation," Workshop on Biological Control Systems 2024, Online, November 2024 (Poster).
T. Kotsuka, Y. Hori, “Transfer function-based stability analysis for multi-agent molecular communication systems using a discrete Fourier transform matrix,” SICE Annual Conference 2023, Tsu, Japan, September 2023 (Poster).
S. Kitada, T. Kotsuka, Y. Hori, “Analysis of Signal Distortion in Molecular Communication Channel,” The 22nd IFAC World Congress, Yokohama, Japan, July 2023.
T. Kotsuka, Y. Hori, “Stability analysis for circulant structured multi-agent molecular communication systems,” The 7th Workshop on Molecular Communications, Erlangen, Germany, April 2023.
A. Nakajima, T. Yamamoto, T. Kotsuka, Y. Hori, "Model-based analysis and rapid prototyping of genetic circuits with decoy transcription factor binding sites", Proceedings of SICE Annual Conference, pp. 438-441, Kumamoto, Japan, 2022. (A. Nakajima was selected as the winner of the SICE Annual Conference Young Author's Award.)
T. Kotsuka, Y. Hori, "Frequency response of diffusion-based molecular communication channels in bounded environment," Proceedings of the 20th European Control Conference, pp. 327-332, London, UK, 2022. (doi.org/10.48550/arXiv.2203.13532)
S. Hara, T. Kotsuka, and Y. Hori, “Modeling and stability analysis for multi-agent molecular communication systems : a case study for two agents,” The SICE Annual Conference 2021, Online, 2021.
T. Kotsuka, Y. Hori, "Disturbance response analysis of cell-to-cell communication systems based on spatial frequency decomposition," IFAC-PapersOnLine (Proceedings of the IFAC Foundations of Systems Biology in Engineering), vol. 52, No. 26, pp. 65-69,Valencia, Spain, 2019. (doi:10.1016/j.ifacol.2019.12.237,bioRxiv)
国内学会出の発表
小塚太資，堀豊，伝達関数に基づくマルチエージェント分子通信システムの安定性解析，第7回分子ロボティクス年次大会，Tokyo，March 2024．
北田祥一朗，小塚太資，堀豊，信号の歪みを抑制する分子通信路の設計法，第10回 制御部門マルチシンポジウム，Kusatsu，March 2023．
小塚太資，堀豊，複数の分子ロボットによる分子通信システムのノイズ抑制解析，第6回分子ロボティクス年次大会，Sendai，November 2022.
小塚太資，堀豊，双方向型分子通信路のモデル化および周波数応答解析，第66回システム制御情報学会 研究発表講演会，Kyoto，May 2022．
小塚太資，堀豊，拡散分子通信路の伝達関数を用いた通信距離による帯域制限の解析，第5回分子ロボティクス年次大会，Online，November 2021．
小塚太資，堀豊，空間周波数サブシステム分解に基づく細胞間分子通信システムの外乱応答解析，第 63回自動制御連合講演会論文集，pp. 373-377，Online，November 2020．
講演
小塚太資，分子ロボット特有の通信システムの解析，ロボティクス・メカトロニクス講演会2022シンポジウム『 “いいかげん”を科学して未来を創るソフトロボット学3』，Sapporo，June 2022．
定例研究会での発表
Taishi Kotsuka, Enoch Yeung, Controlling Mode Placement of Multi-Modal Biomolecular Systems Based on Chemical Fokker Planck equation, Workshop on Biological Control Systems 2024, Online, November 2024.
小塚太資，空間周波数分析に基づく細胞間分子通信システムの外乱応答解析，SICE 分子ロボテ ィクス研究会第 3 回オンライン定例研究会，オンライン開催，2020 年 11 月．
小塚太資，細胞間分子通信により制御される細胞集団の外乱応答特性の解析，「分子ロボティク ス研究会」2018 年 5 月 定例研究会，東京，2018 年 5 月．