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Commandes ncks

Extraire des champs d'un fichier netcdf existant et créer un nouveau fichier netcdf:

ncks -v lon_rho,lat_rho,mask_rho fichier_existant.nc -o nouveau_fichier.nc

Extraire des champs d'un fichier netcdf existant sur une zone restreinte:

ncks -v CD -d south_north,100,200 -d west_east,50,100 wrf_3D_d01_2013-10-08.nc -o toto.nc

où south_north et west_east sont des dimensions du fichier netcdf. Si aucune variable n'est spécifiée alors toutes les variables sont concernées.

Extraire des champs d'un fichier netcdf existant et les ajouter à un autre fichier netcdf (avec option -A):

ncks -v lon_rho,lat_rho,mask_rho fichier_existant.nc -o autre_fichier.nc -A

Un script pour renommer une série de fichiers

L'exemple suivant supprime 00:00:00 du nom  (en ne gardant que les 21 premiers caractères) puis ajoute à la fin l'extension ".nc":

#!/bin/bash

ls wrf_3D_*_00:00:00 > toto

liste=($(cat toto))

nfich=${#liste[@]}

numj=0

while [ "$numj" -lt "$nfich" ]; do

file_input=$(echo ${liste[$numj]})

file_reduit=$(echo ${liste[$numj]}| cut -c1-21)

file_output=$file_reduit".nc"

echo $numj $file_input $file_output

cp $file_input $file_output

numj=$(($numj+1))

done

Extraire des valeurs et les indices (-f pour fortran) associés:

ncdump -f f -c  -v latitude MyOcean_Pacific_20081023.nc

Faire une moyenne temporelle:

ncwa -x -v time -a time,1,12 toto_in.nc copernicus2019.nc

ncwa -x -v time -a time,13,24 toto_in.nc copernicus2020.nc

ncwa -x -v time -a time,23,34 toto_in.nc copernicus2021.nc