พ.ศ. 2549 – 2550 โรงเรียนวัดสุวรรณนาคี ได้จัดการเรียนการสอนที่มุ่งเน้นให้นักเรียนอ่านออกเขียนได้และจัดการการสอนด้านคอมพิวเตอร์ให้นักเรียนได้เรียนรู้ ตั้งแต่ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6และได้จัดการการสอนโปรแกรมพื้นฐาน ให้กับนักเรียน ในโรงเรียนขนาดเล็กด้วยกัน ภายในกลุ่มโรงเรียน อีกจำนวน 6 โรงเรียน และส่งเสริมให้นักเรียน และครูเผยแพร่ผลงานที่ได้จัดการเรียนการสอนมาครบ 1 ปี ส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรม เน้นการปฏิบัติให้เกิดจิตสำนึกที่ดี ตามโครงการเยาวชนคนดีศรีสุพรรณทั้ง 11 เป้าหมายนอกจากนี้ ยังได้ปรับปรุงห้องสมุดให้เป็นห้องสมุดที่มีชีวิต จัดหนังสือแบบแยกเป็นกลุ่มสาระ ปรับปรุงอาคารสถานที่ให้เหมาะสมสวยงามมากขึ้น

พ.ศ. 2550 – 2551 โรงเรียนวัดสุวรรณนาคีได้จัดการเรียนการสอนที่มุ่งเน้นให้นักเรียนอ่านออกเขียนได้ และยกระดับผลสัมฤทธิ์ทางการเรียน โดยจัดการเรียนรู้แบบคละชั้น การใช้คอมพิวเตอร์เป็นเครื่องมือในการจัดการเรียนรู้ในทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้ การเรียนโดยใช้รูปแบบ DVD การสอนทางไกลจากโรงเรียนวังไกลกังวล จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ส่งเสริมกิจกรรมปฏิบัติตามหลักการปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง เพื่อให้นักเรียนได้เรียนรู้ฝึกปฏิบัติจริง และส่งเสริมคุณธรรมจริยธรรม เน้นการปฏิบัติให้เกิดจิตสำนึกที่ดี ตามโครงการเยาวชนคนดีศรีสุพรรณ ทั้ง 11 เป้าหมาย นอกจากนี้ยังได้ปรับปรุงอาคารเรียน อาคารเอนกประสงค์ให้เหมาะสม เอื้อต่อการจัดการเรียนรู้และกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน

พ.ศ. 2551-2552 โรงเรียนวัดสุวรรณนาคี เป็นโรงเรียนแกนนำในการใช้สื่อ DVD การจัดการเรียนการสอนทางไกลผ่านดาวเทียมของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 1 ได้จัดกิจกรรมการเรียนการสอนที่มุ่งเน้นการอ่านออกเขียนได้ และพัฒนาผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนในทุกกลุ่มสาระวิชา เน้นการคิดวิเคราะห์ จัดทำจัดหาแบบฝึกหัดและข้อสอบการคิดวิเคราะห์ให้นักเรียนได้พัฒนาการคิดวิเคราะห์ ส่งเสริมและพัฒนาครูที่มุ่งเน้นนักเรียนเป็นสำคัญ มีการนิเทศติดตามเป็นระยะ เพื่อพัฒนาการจัดการเรียนการสอน ใช้สื่อ DVD การสอนทางไกลจากโรงเรียนวังไกลกังวล มาเป็นสื่อในการจัดการเรียนการสอนในสาระที่ครูผู้สอนไม่ตรงตามวิชาเอกและในชั้นเรียนที่ครุไม่ครบชั้น ส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรม และการปฏิบัติตนให้มีจิตสำนึกที่ดีตามโครงการเยาวชนคนดีศรีสุพรรณทั้ง 11 เป้าหมาย ส่งเสริมกิจกรรมปฏิบัติตามหลักเศรษฐกิจพอเพียง พัฒนาด้านดนตรีและกีฬาให้กับนักเรียน ปรับปรุงอาคารเรียน และอาคารเอนกประสงค์ให้เหมาะสมมากยิ่งขึ้น เอื้อต่อการจัดการเรียนรู้และพัฒนาผู้เรียน ปรับปรุงห้องสมุดให้เป็นห้องสมุดเคลื่อนที่ได้

พ.ศ. 2558-ปัจจุบัน โรงเรียนวัดสุวรรณนาคี เป็นโรงเรียนแกนนำในโครงการลดเวลาเรียน เพิ่มเวลารู้ของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุพรรณบุรี เขต 1 โดยการการปรับเวลาเรียน ให้เรียนสาระการเรียนรู้หลักเพียงแค่ 14.30 นาฬิกา ไม่ได้มีความประสงค์ให้ยุติการเรียนการสอน แล้วนักเรียนกลับบ้านแต่เป็นเพียงการสอนวิชาหลัก เช่น ภาษาไทย ภาษาต่างประเทศ คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์และสังคมศึกษา ในช่วงเช้าจนถึง 14 นาฬิกา และหลังจากนั้นจะเป็นการเรียนรู้นอกห้องเรียนได้แก่ การเรียนกลุ่มสาระที่เหลือ คือ สุขศึกษาและพลศึกษา การงานพื้นฐานอาชีพและเทคโนโลยี และวิชาศิลปะและนาฎศิลป์ ซึ่งเป็นการเรียนรู้แบบบูรณาการและกิจกรรมกลุ่ม อันจะทำให้เด็กลดความเคร่งเครียด จากการเรียนเนื้อหามาเป็นกิจกรรมที่สนุกสนาน รวมทั้งเสริมสร้างทักษะทุกด้าน คือด้านร่างกาย สติปัญญา อารมณ์ และสังคม