Помимо рисования фигур на канве можно использовать объекты-наследники класса javafx.Shapе - Rectangles and Ellipses, Circles, Lines, Polygons, and Text .
Они являются такими же узлами Node fx-сцены как панели и другие элементы управления (кнопки, метки и т.п.)
! но это конечные узлы и к ним недопустимо добавление других shape.getChildren().add(...) .
Создание объект-фигура
Rectangle rectangle = new Rectangle();
Для установки их свойств используются различные методы:
rectangle.setX(20);// 20 пикс от левого верхнего угла родительского узла
rectangle.setY(50);
rectangle.setWidth(200);
rectangle.setHeight(150);
rectangle.setFill(Color.BISQUE);
Добавьте фигуру на известную панель pane:
pane.getChildren().add(rectangle);
ее размещение зависит от компоновки pane.